结论：情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的检察院不起诉，一般不会留案底。
详细分析如下：
一、法律依据与“案底”的定义
“案底”的定义：
- “案底”通常指的是因违法犯罪行为而被司法机关记录在案的犯罪记录。这种记录一般会在个人档案中留下痕迹，可能对个人的就业、升学、出国等产生一定影响。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十二条：“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”这意味着，在未经法院审判并判决有罪之前，任何人都不应被视为有罪。
- 同时，该法第十六条规定：“有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；……”这表明，对于情节显著轻微、危害不大的行为，由于不构成犯罪，因此不会留下犯罪记录。
二、检察院不起诉的具体情形与“案底”的关系
法定不起诉（绝对不起诉）：
- 当犯罪嫌疑人的行为情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪时，检察院应当作出不起诉决定。这种不起诉决定是基于法律明确规定的，意味着犯罪嫌疑人的行为未达到刑事立案标准，因此不会留下案底。
酌定不起诉（相对不起诉）：
- 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。虽然这种不起诉决定与法定不起诉在性质上略有不同，但同样不属于犯罪记录，因此也不会留下案底。不过，需要注意的是，酌定不起诉并不意味着犯罪嫌疑人的行为完全无罪，而是基于刑法规定和案件具体情况作出的不起诉决定。
证据不足不起诉：
- 如果经过二次补充侦查后，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，也会作出不起诉决定。这种不起诉决定同样不会留下案底，因为证据不足无法证明犯罪嫌疑人有罪。
三、特殊情况下的保护措施
- 未成年人犯罪情节轻微不起诉：
- 对于未成年人实施的某些轻微犯罪行为，如轻伤害案件、初次犯罪、过失犯罪等，若情节轻微且犯罪嫌疑人确有悔罪表现，检察院可以作出不起诉决定。同时，根据《人民检察院办理未成年人刑事案件的规定》，这些不起诉记录应当依法封存，以保护未成年人的权益。这意味着，未成年人在这种情况下不仅不会留下案底，而且其犯罪记录还会被严格保密。
四、实际影响与建议
实际影响：
- 检察院不起诉决定意味着犯罪嫌疑人未被法院审判并判决有罪，因此不会留下犯罪记录。这将对犯罪嫌疑人的未来生活产生积极影响，如就业、升学、出国等不会受到不必要的影响。
建议：
- 如果您或您身边的人遇到了类似情况，建议及时咨询专业律师以了解具体法律程序和可能的影响。同时，保持与检察院的沟通，了解案件进展和不起诉决定的具体理由，以便更好地维护自身权益。
总结：情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的检察院不起诉，一般不会留案底。这是基于法律明确规定和案件具体情况作出的不起诉决定，意味着犯罪嫌疑人的行为未达到刑事立案标准或不需要判处刑罚。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。