两个公司之间存在关联并不直接导致废标，是否废标需根据具体情况及招标文件的规定来判断。以下从几个方面进行详细分析：
一、关联公司的定义与影响
关联公司通常指的是在资金、经营、购销等方面存在直接或者间接的拥有或者控制关系的公司，或者由其他公司以及自然人直接或者间接共同拥有或者控制的公司。在招标投标活动中，关联公司的存在本身并不构成废标的理由，关键在于这些关联关系是否影响了招标的公正性和竞争性。
二、废标的法定情形
根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，废标通常出现在以下情形：
符合专业条件的供应商或者对招标文件作实质响应的供应商不足三家的：这与关联公司无直接关系，而是关于供应商数量和响应性的问题。
出现影响采购公正的违法、违规行为的：如果关联公司之间存在串通投标、围标等违法违规行为，确实可能导致废标。但这种情况的废标是基于违法违规行为，而非单纯的关联关系。
投标人的报价均超过了采购预算，采购人不能支付的：这与关联公司无关，而是关于报价和预算的问题。
因重大变故，采购任务取消的：这同样与关联公司无关，而是由于外部因素导致的采购任务取消。
三、关联公司参与投标的特殊情况
避免利益冲突：在招标过程中，如果关联公司之间的参与可能导致利益冲突或影响招标的公正性，招标人可能会在招标文件中明确规定限制或禁止关联公司同时投标。这种情况下，如果关联公司违反规定投标，可能会导致废标。
联合体投标：关联公司也可以选择以联合体的形式参与投标。联合体投标需要满足一定的条件，如联合体各方均应具备承担招标项目的相应能力，并签订联合体协议等。如果联合体投标符合招标文件的要求，且没有违法违规行为，通常不会被废标。
四、法律建议
仔细阅读招标文件：对于关联公司而言，在参与投标前应仔细阅读招标文件，了解其中关于关联公司投标的具体规定和要求。
遵守法律法规：关联公司在参与投标过程中应严格遵守相关法律法规和招标文件的规定，避免出现违法违规行为。
咨询专业意见：如果关联公司对招标文件的规定或投标过程中的法律问题存在疑问，可以咨询专业律师或招标代理机构以获取专业意见。
总结来说，两个公司之间存在关联并不直接导致废标。是否废标需根据具体情况及招标文件的规定来判断，特别是要关注是否存在影响招标公正性的违法违规行为。如果关联公司能够遵守相关法律法规和招标文件的规定，以合法合规的方式参与投标，通常不会被废标。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。