结论：劳动者和用人单位只签订一年劳动合同，三年后离职，劳动者一般不能主张后两年未签订劳动合同的双倍工资差额，但存在例外情况。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。然而，这一规定主要针对的是用人单位在用工初期未与劳动者签订书面劳动合同的情况。
在您描述的情形中，劳动者与用人单位最初签订了一年的劳动合同，合同到期后，双方继续用工但未续签书面劳动合同。此时，如果劳动者在合同到期后的一年内（即第二年）未提出异议并继续工作，根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条及《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第七条的规定，通常视为双方同意以原条件继续履行劳动合同，但此时用人单位仍需支付双倍工资的时间限制为自用工之日起满一个月的次日至满一年的前一日，且最长不超过十一个月。由于双方已经签订过一年的劳动合同，这一年的双倍工资差额主张期已经过去。
对于合同到期后的第二年及第三年（即后两年），如果双方仍未签订书面劳动合同，但劳动者继续工作，此时法律并未明确规定用人单位需支付双倍工资。不过，从法律原则和精神出发，用人单位长期不与劳动者签订书面劳动合同，确实损害了劳动者的权益，但劳动者主张双倍工资差额的权利通常受到时效和具体法律规定的限制。
二、例外情况分析
尽管在一般情况下，劳动者不能主张后两年未签订劳动合同的双倍工资差额，但存在以下例外情况：
用人单位存在过错：如果用人单位在合同到期后，故意拖延不与劳动者签订书面劳动合同，且存在其他过错行为（如拖欠工资、未缴纳社会保险等），劳动者在离职时可能可以主张更多的权益，包括但不限于双倍工资差额、经济补偿金等。但这需要具体证据支持，并需通过法律途径解决。
地方性法规或司法解释：不同地区可能根据当地实际情况制定了地方性法规或司法解释，对未签订书面劳动合同的双倍工资差额主张期有特别规定。因此，在具体案件中，还需考虑当地的相关规定。
劳动者及时主张权利：如果劳动者在合同到期后的一年内（或根据当地规定的其他期限内）及时向用人单位提出签订书面劳动合同的要求，并保留了相关证据，但在用人单位拒绝或拖延的情况下继续工作，劳动者在离职时可能更有依据主张双倍工资差额。
三、法律建议
保留证据：无论何种情况，劳动者都应保留好与用人单位的用工关系证据，如工作证、工资条、考勤记录等，以备不时之需。
及时咨询：如果劳动者认为自己的权益受到侵害，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和可行的法律途径。
协商解决：在可能的情况下，劳动者可以尝试与用人单位协商解决纠纷，以节省时间和成本。
法律途径：如果协商无果，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的权益。
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