结论：厂子由车间主任代发工人工资是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若车间主任受公司正式委托并具备相应权限，代发工资行为合法；若未经正式委托或超越权限，则可能存在违法风险。以下从不同角度详细分析：
一、合法性分析
委托代理关系：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体可以通过代理人实施民事法律行为。若公司正式委托车间主任代发工资，并明确其代理权限和范围，车间主任在代理权限内代发工资的行为是合法的。
- 关键点：公司需出具正式的委托书或授权文件，明确车间主任的代理权限，如代发工资的具体金额、时间、方式等。
公司内部管理规定：
- 若公司内部有明确规定，允许车间主任在特定情况下代发工资，且该规定不违反法律法规的强制性规定，车间主任代发工资的行为也是合法的。
- 关键点：公司内部管理规定需合法合规，且车间主任需严格遵守规定执行。
二、违法性风险
未经正式委托：
- 若车间主任未经公司正式委托，擅自代发工资，可能构成无权代理。在此情况下，若公司事后未追认，车间主任的代发行为对公司不发生效力，公司可能需承担因此产生的法律责任。
- 风险点：无权代理可能导致工资发放错误、拖欠工资等法律纠纷，损害工人权益。
超越代理权限：
- 即使车间主任受公司委托代发工资，若其超越代理权限，如擅自改变工资发放方式、金额等，也可能构成违法。
- 风险点：超越代理权限可能导致公司财务混乱、工人权益受损，甚至引发劳动纠纷。
三、法律建议
公司角度：
- 公司应明确工资发放流程和责任人，避免随意委托他人代发工资。
- 若需委托车间主任代发工资，应出具正式的委托书或授权文件，明确代理权限和范围。
- 公司应加强对工资发放情况的监督和管理，确保工资按时、足额发放给工人。
工人角度：
- 工人应了解自己的工资发放情况和相关权益，如工资发放时间、金额等。
- 若发现工资发放异常或存在拖欠情况，应及时与公司沟通或向相关部门投诉。
- 工人有权要求公司出具工资发放凭证或记录，以维护自己的合法权益。
四、可能后果
合法后果：
- 若车间主任代发工资行为合法，公司无需承担法律责任，工人也能按时、足额收到工资。
违法后果：
- 若车间主任代发工资行为违法，公司可能需承担因此产生的法律责任，如支付拖欠工资、赔偿工人损失等。
- 工人可能因此遭受经济损失和权益损害，甚至需要通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：厂子由车间主任代发工人工资是否合法，需根据具体情况判断。为确保工资发放的合法性和规范性，公司应明确工资发放流程和责任人，避免随意委托他人代发工资。工人也应了解自己的工资发放情况和相关权益，及时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。