在已签订土地出让协议但未付完款的情况下，主要涉及的税款问题可以从以下几个角度进行分析：

1. 契税
   根据《中华人民共和国契税法》及相关规定，契税的纳税义务发生时间为纳税人签订土地、房屋权属转移合同的当日，或者纳税人取得其他具有土地、房屋权属转移合同性质凭证的当日。这意味着，只要签订了土地出让协议，契税的纳税义务就已经产生，与是否付完款无关。契税的计税依据为土地出让金等权属转移合同确定的成交价格，税率根据地区不同一般为3%-5%。因此，即使未付完款，受让方仍需按协议约定的成交价格申报缴纳契税。

2. 增值税及附加税费（如涉及）
   如果土地出让方为房地产开发企业等增值税纳税人，且出让行为属于增值税应税范围（如转让未开发土地或已开发但未售出的土地），则出让方需按增值税相关规定缴纳增值税。增值税的纳税义务发生时间通常为收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天，因此若未付完款，出让方可能尚未产生增值税纳税义务（但需根据具体合同条款和收款情况判断）。不过，受让方作为购买方，一般不直接涉及增值税的缴纳，除非存在特殊情况（如代扣代缴等）。此外，若出让方需缴纳增值税，则还需以增值税为计税依据缴纳城市维护建设税、教育费附加等附加税费。

3. 土地增值税（如涉及）
   土地增值税主要针对转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人。在土地出让环节，若出让方为政府或其授权部门，则不涉及土地增值税；但若出让方为非政府主体（如企业转让已取得的土地使用权），且转让行为产生增值，则需缴纳土地增值税。土地增值税的纳税义务发生时间为转让房地产合同签订的当日，但计税依据为转让房地产所取得的增值额，因此未付完款不影响纳税义务的产生，但会影响实际申报时的收入确认和增值额计算。

4. 印花税
   根据《中华人民共和国印花税法》，土地出让合同属于产权转移书据，需按合同所载金额的万分之五缴纳印花税。印花税的纳税义务发生时间为合同书立或领受时，因此签订土地出让协议后，双方均需按协议金额申报缴纳印花税，与是否付完款无关。

总结与建议：

• 受让方需重点关注契税和印花税的缴纳，这两项税费的纳税义务在合同签订时即已产生，与付款进度无关。
  
• 若出让方为非政府主体，需关注其是否涉及增值税和土地增值税的缴纳（但这两项通常由出让方承担）。
  
• 建议根据协议具体条款和当地税务机关的要求，及时申报并缴纳相关税费，避免因逾期产生滞纳金或罚款。
  
• 如有复杂情况（如分期付款、合同变更等），建议进一步咨询以明确税务处理细节。
  

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