在门店出租的情境中，关于合同上违约金的设定，这确实是一个需要细致考虑的问题。首先，要明确的是，违约金的数额或计算方式并没有一个固定的法律标准，而是需要出租方和承租方在租赁合同中根据实际情况进行协商确定。

一、违约金设定的考量因素

1. 实际损失：违约金的设定应主要考虑到因违约行为可能给守约方造成的损失。这包括直接损失（如租金损失、招租费用等）和间接损失（如经营中断的利润损失等）。

2. 合同履行情况：如果合同已经履行了较长时间，违约的影响可能相对较小，因此违约金数额可以设定得较低一些。反之，如果合同刚开始履行，违约对守约方的影响可能更大，违约金数额应相应提高。

3. 市场行情与租金水平：租赁市场的供需关系、租金水平等因素也会影响违约金的设定。在租金较高或市场供不应求的情况下，为了保障出租方的利益，违约金可能会设定得较高。

4. 租赁期限：长期租赁合同中，由于违约可能带来的长期损失风险更大，因此违约金可能会设定得更高一些。

二、常见的违约金设定方式

1. 固定金额：双方可以约定一个具体的违约金数额，如一个月到数月的租金金额。以您提到的年租金55000元为例，如果按月租金计算（假设月租金为55000/12≈4583元），则违约金可以设定为4583元至数倍于此的金额，具体取决于双方的协商和上述考量因素。

2. 押金数额：有时双方会约定违约金等于押金金额，这样便于执行和计算。

3. 根据实际损失计算：如果难以直接确定具体金额，双方可以在合同中约定按照实际损失计算违约金，并明确具体的损失赔偿计算方法。

三、法律限制与调整

需要注意的是，根据《民法典》的规定，如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求适当减少；反之，如果低于损失，则可以请求增加。在司法实践中，一般认为违约金超过造成损失的30%即属于“过分高于造成的损失”。

四、建议

1. 明确写入合同：无论选择哪种违约金设定方式，都应将具体数额、计算方式、支付条件及时间等细节明确写入租赁合同中，以避免未来可能出现的争议。

2. 咨询专业律师：由于违约金的设定涉及到法律条款和双方权益的保护，建议在签订合同前咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保合同条款的合法性和有效性。

综上所述，对于您提出的门店出租年租金55000元的情况，违约金的设定应综合考虑实际损失、合同履行情况、市场行情与租金水平以及租赁期限等因素。在双方协商的基础上，可以选择一个既公平又合理的违约金数额或计算方式，并将其明确写入租赁合同中。