结论：公司办理保密资质限制出入境时，您是否可以离职需分情况讨论，主要取决于限制措施的性质、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度为您详细分析：
一、限制措施的性质与合法性
公司内部管理措施：
- 如果公司因办理保密资质而采取的限制出入境措施，属于公司内部管理范畴，且该措施不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权根据自身需要制定并执行此类措施。
- 但，此类措施通常不能直接限制员工的离职权利。员工离职是法律赋予的权利，公司不得通过内部规定或措施非法剥夺。
涉及国家秘密的特殊限制：
- 如果公司办理的保密资质涉及国家秘密，且根据相关法律法规（如《保守国家秘密法》及其实施条例）的规定，特定岗位的人员在离职前需经过脱密期管理或受到其他限制，那么这些限制是合法的。
- 在此情况下，您需遵守相关法律法规的规定，在脱密期满或满足其他离职条件后，方可办理离职手续。
二、劳动合同的约定
劳动合同中有明确约定：
- 如果您与公司在劳动合同中明确约定了因办理保密资质而限制出入境及离职的相关条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么您需按照劳动合同的约定履行义务。
- 但，如果劳动合同中的相关条款显失公平或违反法律法规的强制性规定，您有权依法主张撤销或变更这些条款。
劳动合同中无明确约定：
- 如果劳动合同中未明确约定因办理保密资质而限制出入境及离职的相关条款，那么公司不得单方面对您采取限制措施。
- 在此情况下，您有权根据自己的意愿和职业规划选择离职，公司不得非法阻挠。
三、相关法律法规的规定
《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动合同法》的规定，员工有权提前通知用人单位解除劳动合同。除非存在法定或约定的不得解除劳动合同的情形，否则员工可以随时提出离职。
- 因此，除非您的离职行为违反了法律法规的强制性规定或劳动合同的约定，否则公司不得限制您离职。
其他相关法律法规：
- 除了《劳动合同法》外，还需考虑《保守国家秘密法》、《出境入境管理法》等相关法律法规的规定。如果您的离职行为涉及国家秘密的泄露或违反出境入境管理的规定，那么您可能需承担相应的法律责任。
四、建议与措施
与公司沟通协商：
- 在决定离职前，建议您先与公司进行沟通协商，了解公司限制出入境及离职的具体原因和依据。
- 如果公司能够提供合理的解释和依据，且您能够接受相关限制条件，那么您可以考虑在满足条件后办理离职手续。
寻求法律援助：
- 如果您认为公司的限制措施侵犯了您的合法权益，或者您对相关法律法规的规定存在疑问，建议您及时咨询专业律师（即我，陈承律师，专注于公司事务、刑事辩护领域），以便获得更具体的法律建议和帮助。
注意保留证据：
- 在与公司沟通协商或寻求法律援助的过程中，建议您注意保留相关证据（如劳动合同、公司通知、沟通记录等），以便在必要时维护自己的合法权益。
最后，离职是您的个人选择，但需在遵守法律法规和劳动合同约定的前提下进行。如果您在离职过程中遇到任何法律问题或困惑，欢迎随时向我咨询。