公司有权根据自身经营需要安排特定部门休息，但需满足以下条件：

1. 合法性前提
   根据《劳动合同法》第4条，用人单位在制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度（如工作时间、休息休假）时，需经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。若公司单方面安排部门休息，需确保该安排不违反劳动合同约定或集体合同，且已履行民主程序或与员工协商一致。

2. 合理性边界

   • 非歧视性原则：若仅安排某一部门休息，需有客观合理的理由（如业务淡季、部门职能调整），避免被认定为针对特定员工的变相调岗或降薪。
     
   • 工资支付义务：根据《工资支付暂行规定》第12条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资；超过一个周期的，若劳动者提供了正常劳动，支付标准不得低于当地最低工资；若未提供劳动，可按不低于最低工资的70%支付生活费（具体比例以地方规定为准）。
     
   • 程序合规性：公司需提前通知员工休息安排，并保留书面记录（如邮件、公告），避免因程序瑕疵引发纠纷。

3. 潜在风险与应对

   • 员工异议：若员工认为休息安排不合理（如影响收入、职业发展），可能通过劳动仲裁主张公司违法。此时公司需举证证明安排的合法性与合理性（如业务数据、协商记录）。
     
   • 部门间矛盾：若长期仅安排某一部门休息，可能引发内部不公平感，建议公司通过轮休、调岗或经济补偿等方式平衡利益。

建议行动方案：

1. 审查制度依据：确认公司规章制度中是否有关于部门休息的条款，若无则需补充民主协商程序。
   
2. 与员工沟通：提前说明休息原因、期限及工资支付标准，争取员工理解并签署书面同意书。
   
3. 留存证据：保存业务调整文件、协商记录、通知凭证等，以备争议时使用。
   

若公司未履行上述程序或支付义务，员工有权要求补发工资或主张违法解除（若公司以“旷工”等理由单方解约）。如有具体案例或细节需进一步分析，可直接向我咨询。