结论：私营店将员工社保全部从工资里扣除的做法不合法。以下从多个角度为你详细分析：

从法律规定角度

根据我国《社会保险法》以及相关劳动法律法规，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。其中，养老保险、医疗保险和失业保险，这三种险是由用人单位和劳动者共同缴纳保险费的；工伤保险和生育保险完全是由用人单位承担的，劳动者不需要缴纳。

也就是说，社保费用是由用人单位和劳动者按一定比例共同承担的，用人单位不能将应由自己承担的部分转嫁给劳动者，全部从员工工资中扣除。例如在养老保险中，单位一般承担缴费基数的16%左右，个人承担8%左右（具体比例因地区而异），单位不能把16%这部分也要求员工来承担。

从劳动合同角度

如果用人单位在与劳动者签订的劳动合同中约定，将社保费用全部从员工工资中扣除，这种约定也是无效的。因为这种约定违反了法律的强制性规定，根据《劳动合同法》的规定，违反法律、行政法规强制性规定的劳动合同条款是无效的。所以，即便劳动合同中有这样的约定，也不能改变用人单位应承担的社保缴费义务。

从实际后果角度

如果私营店采取这种不合法的方式操作，一旦被劳动监察部门发现，将会面临一系列的处罚。劳动监察部门会责令用人单位限期改正，即要求用人单位按照法律规定，为员工补缴应由单位承担的社保费用。如果逾期不改正的，还可能会对用人单位处以罚款等行政处罚措施。

对于员工来说，如果遇到这种情况，可以先与用人单位进行协商，要求用人单位按照法律规定缴纳社保。如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉，也可以申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动法律方面的问题，欢迎随时向我咨询。