结论：公司实行“两地一线”工作模式后，若发生劳动争议需申请劳动仲裁，您需要重点关注劳动关系确认、工作地点变更的合法性、工资及加班费计算、社保缴纳地等核心问题，并按照属地管辖原则向有管辖权的劳动仲裁机构提交申请。以下是具体分析：

一、“两地一线”模式可能引发的劳动争议焦点

1. 劳动关系确认
   若公司通过“两地一线”模式（如总部与分支机构联合办公、跨地区轮岗等）模糊劳动关系归属，您需首先确认与哪家主体签订劳动合同、工资由谁发放、社保由谁缴纳。若实际用工单位与合同签订单位不一致，可能涉及劳务派遣或关联企业混同用工问题，需通过工资流水、考勤记录、工作安排等证据证明实际劳动关系。

2. 工作地点变更的合法性
   若公司单方面将您调至另一地区工作，需审查劳动合同中是否约定“工作地点为全国/多地”或“公司有权根据经营需要调整工作地点”。若合同无明确约定，公司需与您协商一致；若强行调岗，可能构成未按照劳动合同约定提供劳动条件，您可依据《劳动合同法》第38条主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。

3. 工资及加班费计算

   • 跨地区工资标准：若两地最低工资标准不同，公司应按较高标准支付工资（若合同无特别约定）。
     
   • 加班费基数：需明确工资结构中哪些部分属于“基本工资”，避免公司以“绩效工资”等名义降低加班费计算基数。
     
   • 跨时区工作：若因“一线”连接两地导致工作时间跨越时区（如北京与乌鲁木齐），需按实际工作时间计算加班费，避免公司以“当地时间”模糊工时。

4. 社保缴纳地
   根据《社会保险法》，社保应由用人单位在注册地或用工所在地缴纳。若公司未在您实际工作地缴纳社保，可能影响您享受医保、工伤等待遇，您可要求公司补缴或向当地社保部门投诉。

二、劳动仲裁的管辖与申请流程

1. 管辖原则
   根据《劳动争议调解仲裁法》第21条，劳动仲裁由劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。若“两地一线”涉及多个地点，您可选择：

   • 实际工作地（如您长期在A地办公）；
     
   • 劳动合同签订地（如总部在B地）；
     
   • 工资发放地（如工资由C地分公司支付）。
     建议：优先选择实际工作地仲裁委，便于取证和参与庭审。

2. 申请材料

   • 仲裁申请书（需写明双方信息、仲裁请求、事实与理由）；
     
   • 身份证明（身份证复印件）；
     
   • 劳动关系证明（劳动合同、工资流水、考勤记录等）；
     
   • 证据材料（如调岗通知、社保缴纳记录、加班记录等）。

3. 时效限制
   劳动争议申请仲裁的时效期间为1年，从您知道或应当知道权利被侵害之日起计算（如公司未支付加班费，从应发工资之日起算）。

三、实务建议

1. 提前固定证据
   保存劳动合同、工资条、调岗通知、考勤记录、工作沟通记录（微信/邮件）等，避免公司销毁或篡改证据。

2. 与公司协商
   在申请仲裁前，可尝试通过工会或劳动监察部门与公司协商，降低维权成本。

3. 关注公司合规性
   若公司未依法签订劳动合同、未缴纳社保或拖欠工资，您可同时主张多项权益（如未签合同双倍工资、经济补偿金等）。

温馨提示：劳动仲裁程序复杂，涉及证据规则和法律适用细节。若您对具体操作或证据准备有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细指导。