离职申请理由写“双方协议”在符合一定条件下是有效的。以下从多个角度为你详细分析：
一、离职申请理由的效力基础
离职申请理由作为离职申请书或离职协议书的一部分，其效力主要取决于双方的真实意愿表示以及内容的合法性。如果“双方协议”这一理由能够真实反映双方协商一致解除劳动关系的事实，并且该协议内容不违反法律法规的强制性规定，那么这一理由就是有效的。
二、离职协议书的法律效力要件
为了确保离职申请理由（即离职协议书中的离职原因部分）的有效性，离职协议书本身需要满足以下法律效力要件：
- 主体适格：用人单位应为依法设立的法人或其他组织，劳动者应达到法定劳动年龄，具备完全民事行为能力。
- 意思表示真实：协议内容必须是双方自愿、无欺诈、胁迫或重大误解的情况下达成的。如果离职申请理由“双方协议”是在双方平等、自愿的基础上协商确定的，那么这一理由就是真实的。
- 内容合法：协议条款不得违反法律法规的强制性规定。例如，离职协议中不得约定违反劳动法规定的经济补偿标准或保密义务等。
- 形式合规：必须采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。这是确保离职协议书具有法律效力的基本要求。
三、离职申请理由“双方协议”的具体应用
在实际操作中，离职申请理由写“双方协议”通常意味着双方已经就离职事宜达成了一致意见。这种情况下，离职协议书应详细列明双方协商确定的内容，包括但不限于：
- 离职原因：明确写明“双方协议”作为离职原因，并简要说明协商的过程和结果。
- 劳动关系解除时间：确定最后工作日及劳动关系解除的具体时间。
- 经济补偿与结算：明确工资、奖金、加班费、经济补偿等款项的金额、支付方式和时间。
- 工作交接：详细列出工作交接事项、交接时间和方式，确保工作交接的顺利进行。
- 保密与竞业限制（如适用）：如涉及商业秘密或竞业限制，应约定劳动者的保密义务和竞业限制条款。
四、可能存在的风险及防范
虽然离职申请理由写“双方协议”在符合条件下是有效的，但双方仍需注意以下风险：
- 协议内容不明确：如果离职协议书中的条款表述模糊或存在歧义，可能导致双方对协议内容产生不同理解，从而引发纠纷。因此，建议双方在签署前仔细阅读并理解协议内容，确保条款表述清晰、准确。
- 未履行法定程序：如果离职协议书的签署未遵循法定程序（如未采用书面形式、未由双方签字或盖章确认等），可能导致协议无效。因此，双方应确保离职协议书的签署符合法定要求。
- 违反法律法规：如果离职协议书中的条款违反法律法规的强制性规定（如约定低于法定标准的经济补偿等），可能导致协议部分或全部无效。因此，双方在协商离职事宜时应遵守相关法律法规的规定。
建议：在撰写离职申请书或离职协议书时，双方应充分沟通、协商确定离职事宜，并确保协议内容真实、合法、明确。如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保离职协议书的合法性和有效性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。