结论：公司仅在三方协议上盖章而未填写内容，是否会产生影响取决于多种因素，包括协议的具体性质、盖章的性质（如是否为有效盖章）、后续行为以及各方的真实意图等。以下从不同角度进行分析：
一、协议性质与盖章的法律效力
协议性质：
- 如果三方协议是具备法律约束力的合同，那么即使内容未完全填写，盖章也可能被视为公司对协议框架或某些条款的初步认可。然而，由于关键内容缺失，这种认可的法律效力可能受到质疑。
- 如果协议仅是意向书、备忘录或类似文件，其法律效力通常较弱，盖章可能更多表示一种意向或初步协商的意愿，而非最终的法律承诺。
盖章的法律效力：
- 盖章本身通常被视为公司对文件内容的确认和接受。但如果盖章时文件内容空白或未明确，则盖章的法律效力可能受到挑战。
- 有效的盖章应满足公司章程或相关法律法规的规定，如盖章需由授权人员执行、盖章需符合公司内部审批流程等。
二、内容缺失对协议的影响
关键条款缺失：
- 如果协议中缺失了关键条款，如交易标的、价格、履行期限等，那么协议可能因内容不完整而无法履行或产生争议。
- 在这种情况下，盖章可能被视为公司对未来补充完整协议的期待，而非对现有空白协议的确认。
空白条款的解释：
- 如果协议中存在空白条款，且各方未就这些条款达成一致，那么在后续履行过程中可能出现争议。
- 法院或仲裁机构在解释空白条款时，可能会考虑各方的交易习惯、行业惯例以及公平原则等因素。
三、后续行为对协议效力的影响
后续补充协议：
- 如果各方在盖章后补充了完整的内容并形成了补充协议，那么原盖章的协议可能因补充协议的生效而失去独立法律效力，或者与补充协议共同构成完整的合同。
- 补充协议应明确各方对原盖章协议的态度，如是否确认、修改或废止等。
实际履行行为：
- 如果各方在盖章后按照某种方式实际履行了协议（即使内容未完全填写），那么这种实际履行行为可能被视为对协议内容的确认和接受。
- 在这种情况下，法院或仲裁机构可能会根据实际履行行为来推断协议的真实内容和各方的真实意图。
四、建议与风险提示
完善协议内容：
- 建议公司在盖章前确保协议内容完整、明确，并符合相关法律法规的规定。
- 如果协议内容确实无法一次性填写完整，可以考虑在协议中明确约定后续补充协议的条款和程序。
谨慎盖章：
- 公司在盖章前应仔细审查协议内容，确保盖章行为符合公司章程和内部审批流程的规定。
- 避免在空白或未明确的协议上盖章，以减少潜在的法律风险。
保留证据：
- 如果公司确实需要在空白协议上盖章，建议保留相关证据（如盖章前的协商记录、邮件往来等），以证明盖章时的真实意图和背景情况。
及时咨询：
- 如果公司对盖章协议的法律效力或后续处理存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取法律意见和帮助。
总结来说，公司仅在三方协议上盖章而未填写内容，其法律效力取决于多种因素。为避免潜在的法律风险，建议公司在盖章前确保协议内容完整、明确，并谨慎处理盖章行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。