结论前置：辞职后公司扣工资只发一半，这种行为通常是不合法的。根据我国相关法律规定，用人单位不得无故克扣劳动者工资，应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。下面我将从多个角度为你详细分析并给出建议。
一、法律依据与权益明确
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法律规定的特殊情况（如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等），否则公司无权随意扣除你的工资。
《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这一条款明确规定了公司在你辞职时应一次性结清所有工资。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条及第八十五条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若用人单位未按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，将受到相应处罚，并需支付赔偿金。
二、初步行动与证据收集
查看劳动合同与公司规章制度：
- 仔细查阅你的劳动合同，特别是关于工资支付、离职结算的条款。
- 了解公司规章制度中对于离职员工工资扣除的规定，确认其是否合法且经过民主程序制定并向劳动者公示。
与公司沟通协商：
- 主动与人力资源部门或你的上级领导沟通，了解扣除工资的具体原因，并要求公司提供明确的依据。
- 在协商过程中，保持礼貌但态度坚定，明确指出公司扣工资的行为不合法，并要求纠正并补发工资。同时，保留好沟通记录，如聊天记录、邮件等，作为后续维权的证据。
证据收集：
- 收集并整理好劳动合同、工资条、银行转账记录、考勤记录等关键证据。这些证据将有助于证明你的权益和公司的违法行为。
三、正式维权途径
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉。投诉时，需准备身份证、劳动关系证明（如劳动合同、工作证）、克扣工资的证据等材料。
- 劳动监察部门将对公司进行调查处理，并可能责令公司改正违法行为，足额支付你的工资。
申请劳动仲裁：
- 若投诉未能解决问题，你可以选择申请劳动仲裁。向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，包括申请书、证据材料等。
- 仲裁委员会将安排开庭审理，并作出裁决。若公司不履行仲裁裁决，你还可以向法院申请强制执行。
提起诉讼（如必要）：
- 如果对仲裁结果不服，你还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 法院将依法审理案件，并作出最终判决，保障你的合法权益。
四、注意事项与建议
- 维权时限：务必注意维权时限，劳动争议申请仲裁的时效期间一般为一年，从你知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。
- 全程保留证据：在处理整个问题的过程中，始终要保留好所有相关证据，以便在后续的法律程序中发挥重要作用。
- 理性维权：在维权过程中，保持理性与冷静，避免采取过激行为。通过合法途径维护自己的权益是最有效的方式。
总结与建议：辞职后公司扣工资只发一半是不合法的行为。你应首先尝试与公司协商解决，若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，了解法律规定并保留好相关证据是至关重要的。如果你在整个过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。