在民事合同纠纷案件中，如果超过了申请再审的期限，仍然可以考虑以下几种法律程序来寻求救济：

1. 向人民检察院申请检察建议或者抗诉：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人认为已经发生法律效力的判决、裁定有错误，且超过再审申请期限的，可以向人民检察院申请检察建议或者抗诉。人民检察院认为判决、裁定确有错误的，有权按照审判监督程序向人民法院提出抗诉。
   • 操作建议：你可以准备详细的申诉材料，包括案件事实、证据、法律依据以及你认为原判决、裁定存在错误的具体理由，向人民检察院提交申请。

2. 通过信访渠道反映情况：

   • 说明：虽然信访不是严格的法律程序，但它为当事人提供了一个向相关部门反映问题、寻求帮助的途径。如果认为案件处理存在不公或错误，且已超过再审期限，可以通过信访渠道向法院或上级法院反映情况，请求重新审查。
   • 操作建议：在信访过程中，应保持理性、客观的态度，提供充分的证据和理由支持自己的诉求，并遵循信访程序的相关规定。

3. 寻求其他法律途径的救济：

   • 考虑因素：除了上述两种途径外，还可以考虑是否存在其他法律途径可以寻求救济，如申请执行异议、提起第三人撤销之诉等。但这些途径的适用条件和程序各不相同，需要根据具体情况进行判断。
   • 操作建议：在考虑其他法律途径时，建议咨询专业律师，了解各种途径的适用条件和程序，以及可能面临的法律风险和后果。

在采取上述任何一种途径之前，有几点需要注意：

• 证据收集：无论选择哪种途径，都需要充分收集证据来支持自己的诉求。证据是法律程序中的关键要素，没有充分的证据，很难说服法院或检察院改变原判决、裁定。
• 法律程序了解：不同的法律程序有不同的适用条件和程序要求。在采取行动之前，建议详细了解相关法律程序的规定和要求，以确保自己的行动符合法律程序的要求。
• 专业律师咨询：由于法律程序复杂且专业性强，建议在采取任何行动之前咨询专业律师的意见。律师可以根据你的具体情况和需求，为你提供专业的法律建议和帮助。

最后需要强调的是，虽然超过了申请再审的期限，但并不意味着就无法寻求法律救济。通过上述途径，你仍然有可能获得公正的处理结果。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。