在重整程序中，若债务人对已经初步确权的债务提出异议，可按以下方式处理：
异议提出与受理
债务人应在法定异议期内（通常为债权人申报债权后的特定期间，如15日或30日，具体以《企业破产法》及法院指定管理人公告为准）向管理人提出书面异议，明确异议理由及证据。管理人需对异议进行形式审查，确认是否属于法定异议范围（如债权真实性、金额计算错误、担保效力争议等）。若异议符合形式要件，管理人应启动实质审查程序。
管理人审查与处理
管理人需在合理期限内（通常为收到异议后30日内）完成实质审查，重点核查：
- 证据充分性：债务人提供的证据是否足以推翻初步确权结论（如合同原件、付款凭证、担保登记记录等）；
- 法律适用正确性：初步确权是否符合《民法典》《企业破产法》及相关司法解释的规定（如诉讼时效、担保优先权、共益债务认定等）；
- 程序合规性：初步确权是否经过债权人会议核查或法院裁定确认。
若管理人认为异议成立，应修正债权表并重新公示；若认为异议不成立，需向债务人出具书面答复并说明理由。
- 司法救济途径
若债务人对管理人答复仍不服，可依据《企业破产法》第58条在债权人会议核查债权后15日内向受理破产案件的法院提起债权确认之诉。法院将通过诉讼程序对债权争议进行实体审理，并作出终局裁判。需注意：
- 诉讼主体：债务人作为原告，管理人作为被告（或列债权人为第三人）；
- 举证责任：债务人需承担证明债权不成立或金额错误的举证责任；
- 裁判效力：法院判决对全体债权人、债务人及管理人均具有约束力，直接影响重整计划草案的表决与执行。
- 对重整程序的影响
- 暂停分配：若异议涉及待分配财产，管理人应暂停相关分配直至异议解决；
- 表决权调整：若异议导致债权金额或性质变更，需重新计算债务人表决权（如普通债权组、优先债权组的划分）；
- 计划草案修改：若异议成立且影响重整计划可行性，管理人需调整草案内容并重新提交债权人会议表决。
实务建议：债务人应尽早委托律师介入，通过证据固定、法律论证等方式提高异议成功率；管理人需严格遵循“中立审查”原则，避免因程序瑕疵引发后续诉讼风险。若涉及复杂法律问题（如跨境债权、金融衍生品债权等），建议结合具体案情进一步分析。