结论：十月自离，九月的工资是否会发，这主要取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。在大多数情况下，只要员工在九月提供了正常劳动，公司就应当支付九月的工资，自离行为本身并不影响九月工资的发放。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律法规角度
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，只要员工在九月提供了正常劳动，无论其十月是否自离，公司都应当支付九月的工资。
二、公司规章制度与劳动合同角度
公司规章制度：公司可能会在其规章制度中规定，员工自离将视为放弃当月工资或扣除部分工资。然而，这样的规定必须符合法律法规的规定，且不能侵犯员工的合法权益。如果公司的规章制度违反了法律法规，那么该规定是无效的，公司仍然需要支付员工九月的工资。
劳动合同约定：劳动合同是员工与公司之间约定权利和义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了员工自离后工资的支付方式，那么公司应当按照劳动合同的约定执行。但同样，劳动合同的约定也不能违反法律法规的规定。
三、实际操作角度
在实际操作中，有些公司可能会因为员工自离而拒绝支付其九月的工资。然而，这种做法是不合法的。员工可以通过以下途径维护自己的合法权益：
与公司协商：员工可以首先尝试与公司进行协商，要求公司支付九月的工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁：员工还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付九月的工资及可能的经济补偿。
四、特殊情况说明
如果员工在九月存在旷工、迟到早退等违反公司规章制度的行为，且这些行为导致了公司经济损失的，公司可以根据规章制度或劳动合同的约定，从员工的工资中扣除相应的赔偿。但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
建议：如果你遇到了十月自离后公司拒绝支付九月工资的情况，建议你首先与公司进行协商，了解公司拒绝支付工资的具体原因。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。