结论：针对您描述的情况，即个人工程完工三年后对方仍欠工程款，且对方还起诉施工方称工程质量有问题，这涉及工程款追讨和工程质量争议两个核心问题。以下是从不同角度为您进行的分析和建议。
一、工程款追讨
诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。但需注意，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在工程款纠纷中，通常从工程竣工验收合格或约定付款期限届满之日起算。
- 您提到工程已完工三年，但并未明确是否已超过约定的付款期限或竣工验收合格后的三年。若未超过，则您仍有权向法院提起诉讼要求对方支付工程款。
证据收集：
- 为了成功追讨工程款，您需要收集充分的证据来证明对方欠款的金额、事实以及您的施工行为符合合同约定。这包括但不限于施工合同、工程进度款支付凭证、竣工验收报告、结算文件等。
法律途径：
- 若对方拒绝支付工程款，您可以通过向法院提起诉讼的方式来解决纠纷。在诉讼过程中，您可以要求法院判决对方支付工程款及可能的逾期付款利息或违约金。
二、工程质量争议
质量责任：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及相关司法解释，施工单位对建设工程的施工质量负责。若工程质量确实存在问题，且该问题是由施工单位的施工行为导致的，则施工单位应承担相应的修复、返工或赔偿责任。
- 然而，若工程质量问题并非由施工单位的施工行为导致，或者质量问题是在工程交付使用后因使用不当、维护不善等原因造成的，则施工单位可能不承担责任。
抗辩与反诉：
- 面对对方的起诉，您可以提出抗辩，说明工程质量问题并非由您的施工行为导致，或者质量问题是在工程交付后因对方原因造成的。
- 同时，您也可以考虑提起反诉，要求对方支付拖欠的工程款及可能的逾期付款利息或违约金。在反诉中，您需要提供充分的证据来支持您的主张。
质量鉴定：
- 若双方对工程质量问题存在争议，且无法通过协商解决，则可能需要通过质量鉴定来确定工程质量是否符合合同约定或相关标准。质量鉴定应由具有相应资质的鉴定机构进行，并出具鉴定报告作为证据使用。
三、综合建议
及时咨询专业律师：
- 鉴于工程款纠纷和工程质量争议的复杂性，建议您及时咨询专业律师，以便更准确地评估您的法律风险和制定应对策略。
积极收集证据：
- 无论是追讨工程款还是应对工程质量争议，证据都是关键。因此，您应积极收集与案件相关的所有证据，包括合同、支付凭证、竣工验收报告、结算文件、质量鉴定报告等。
考虑和解或调解：
- 在诉讼之前或诉讼过程中，您可以考虑与对方进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案。这不仅可以节省时间和成本，还可以避免诉讼带来的不确定性和风险。
关注诉讼时效：
- 请务必关注诉讼时效问题，确保在诉讼时效期间内提起诉讼或采取其他法律措施来保护您的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。