结论前置：员工是否会受牵连，取决于员工是否知晓并参与公司的不当行为，以及该行为是否涉及违法犯罪。以下从不同角度进行分析：
若员工不知情或未参与公司的不当行为：
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工有权获得与其劳动相对应的合法报酬。公司单方面将工资做高并发放，随后要求员工转给其他指定账户，这一行为本身可能涉及偷逃税款、洗钱或其他违法犯罪活动，但员工若不知情且未参与，则不应承担法律责任。
- 法律建议：员工应保留好工资发放记录、转账记录等证据，以证明自己并未参与公司的违法犯罪活动。若公司因此行为对员工产生不利影响，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
若员工知晓并参与公司的不当行为：
- 法律后果：如果员工明知公司要求其将工资转给其他指定账户是为了偷逃税款、洗钱或其他违法犯罪活动，而仍然参与其中，那么员工可能构成共同违法或犯罪，需要承担相应的法律责任。
- 具体情形：
- 偷逃税款：若公司通过做高工资并要求员工转回部分款项的方式偷逃税款，员工若参与其中，可能面临税务部门的处罚，包括补缴税款、滞纳金和罚款等。
- 洗钱：若公司利用员工账户进行资金转移，以掩盖非法所得的来源和性质，员工若明知而参与，可能构成洗钱罪，面临刑事处罚。
- 法律建议：员工应立即停止参与公司的违法犯罪活动，并主动向相关部门举报公司的违法行为。同时，员工应积极配合调查，如实说明情况，以减轻或免除自己的法律责任。
关于工资发放的合法性：
- 法律背景：公司应按照劳动合同约定的工资标准和支付方式向员工发放工资。任何做高工资并发放后要求员工转回部分款项的行为，都可能违反劳动法律法规和税收法规。
- 法律建议：员工应要求公司按照劳动合同约定的工资标准和支付方式发放工资，并拒绝任何违法违规的要求。若公司坚持要求员工转回部分工资款项，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
进一步思考：员工在面对公司的不当要求时，应保持警惕并谨慎处理。一方面，员工应了解自己的合法权益和劳动法律法规，不轻易参与公司的违法犯罪活动；另一方面，员工也应保留好相关证据，以备不时之需。若员工对公司行为有疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。