结论：领导只扣一个人迟到早退而其他人不扣，这一行为是否违法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
公司规章制度的角度：
- 如果公司的规章制度中明确规定了迟到早退的处罚措施，并且这些规定是合法、合理且经过民主程序制定的，那么公司有权依据这些规定对违反纪律的员工进行处罚。
- 在此情况下，如果领导只扣一个人的迟到早退而其他人不扣，且这种差异不是基于合理的区分标准（如迟到早退的次数、严重程度等），而是出于个人偏见或不当目的，那么这种行为可能违反了公司内部的公平原则，但不一定直接构成违法。然而，如果这种差异处理导致了员工之间的不公平待遇，且这种不公平待遇与员工的性别、年龄、种族、宗教信仰等受法律保护的特性相关，那么可能构成歧视，从而违反相关法律法规。
劳动法的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司的规章制度未经上述程序制定，或者规章制度中的处罚措施过于严苛、不合理，甚至侵犯了员工的合法权益（如无故扣减工资、罚款等），那么这种规章制度可能是无效的，领导依据无效规章制度对员工进行处罚的行为也是违法的。
- 此外，如果领导只扣一个人的迟到早退而其他人不扣，且这种差异处理没有合理的依据，且导致了该员工经济上的损失（如扣减工资），那么该员工有权要求公司进行赔偿，并可能向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
实际操作中的建议：
- 对于被处罚的员工来说，首先应当了解公司的规章制度和劳动法的相关规定，判断领导的处罚行为是否合法、合理。
- 如果认为处罚行为不合法或不合理，可以尝试与领导或公司人力资源部门进行沟通，表达自己的意见和诉求。
- 如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结与进一步思考：领导只扣一个人迟到早退而其他人不扣的行为是否违法，需根据公司的规章制度、劳动法的相关规定以及实际情况进行综合判断。作为员工，应当了解自己的权益和义务，并在必要时采取合适的措施来维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。