在申请强制执行期间，如果对方已经主动履行了还款义务，您可以按照以下详细步骤来处理：
一、确认还款的具体情况
核实还款金额：
- 您需要仔细核对对方偿还的金额是否与生效法律文书（如判决书、调解书等）上所确定的金额完全一致。这是确保对方完全履行了还款义务的重要步骤。
保留还款证据：
- 确保您妥善保留了所有与还款相关的证据，如银行转账记录、收据、对方的书面确认等。这些证据在后续与法院沟通或处理其他相关事宜时，将起到至关重要的作用。
二、及时通知执行法院
提交书面申请或联系承办法官：
- 一旦确认对方已经还款，您应立即将这一情况以书面形式告知执行法院，或者联系承办法官进行说明。这是确保法院及时了解案件进展，并作出相应处理的关键步骤。
提供还款证据：
- 在通知法院的同时，您需要向法院提供还款的相关证据，以便法院能够核实还款事实，并据此作出相应的处理决定。
三、申请结案或撤销执行申请
申请结案：
- 如果法院已经对案件进行了立案执行，且对方已经全额履行了还款义务，您可以向法院提出结案申请。法院在核实相关情况后，会作出结案裁定，标志着案件的正式结束。
撤销执行申请：
- 在某些情况下，如果您认为继续执行已无必要（例如，对方已经提前还清了全部债务），您也可以向法院提出撤销执行申请。法院在审查后，可能会同意您的申请，并终止执行程序。
四、处理后续相关事宜
解除保全措施：
- 如果在执行过程中，法院采取了财产保全措施（如查封、扣押、冻结等），在对方履行还款义务后，您应及时向法院申请解除这些保全措施。这是为了避免给对方造成不必要的损失，也是维护双方合法权益的重要步骤。
关注费用退还情况：
- 根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，如果执行申请费是由您预交的，且在执行过程中双方达成和解协议并已履行完毕的，法院可能会根据实际情况决定是否退还部分或全部执行申请费。因此，您可以关注这一费用的退还情况，确保自己的合法权益得到保障。
综上所述，当对方在申请强制执行期间已经履行了还款义务时，您应按照上述步骤及时处理相关事宜，以确保案件的顺利结束和双方合法权益的得到保障。