在您申请强制执行后，如果被申请人已经支付了款项，那么整个执行流程会进入到一个新的阶段。以下是针对这一情况，被申请人（以及您作为申请执行人可能需要了解）的详细处理步骤和注意事项：

一、确认收款情况

首先，作为申请执行人，您需要确认是否已经收到了被申请人支付的款项。这可以通过查看银行账户记录、收款收据或与被申请人直接沟通来确认。如果款项是通过法院中转支付的，您还需要与法院执行部门联系，核实款项是否已到账并确认金额无误。

二、与执行法官沟通

无论款项是否已直接支付给您，都建议您尽快与执行法官取得联系。向执行法官报告被申请人已付款的情况，并提供相关的支付凭证或法院的收款通知。执行法官会根据实际情况，指导您下一步的操作，比如是否需要提交结案申请等。

三、处理执行案件的结案事宜

1. 提交结案申请：在确认被申请人已完全履行还款义务后，您可以向法院提交结案申请。申请中应详细说明被申请人已付款的情况，并附上相关支付凭证作为证据。

2. 法院审核与结案：法院会对您的结案申请进行审核，确认被申请人确实已履行全部还款义务后，会作出结案决定，并通知您和被申请人。此时，执行案件即告终结。

3. 获取结案证明：为了保障您的权益，您可以向法院申请出具结案证明书。这份证明书将作为被申请人已完全履行还款义务的官方证据，对于您后续可能涉及的信用记录修复、法律纠纷解决等都具有重要意义。

四、注意事项

1. 保留支付凭证：无论款项是直接支付给您还是通过法院中转支付，都请务必妥善保留支付凭证。这些凭证将是证明被申请人已履行还款义务的关键证据。

2. 及时沟通与报告：在整个执行过程中，与执行法官的及时沟通与报告至关重要。这有助于确保执行程序的顺利进行，避免不必要的误解和纠纷。

3. 关注执行进展：即使被申请人已经付款，也建议您继续关注执行案件的进展情况。这有助于您及时了解案件的结案状态，以及是否需要采取进一步的法律行动。

综上所述，当申请强制执行后被申请人付了钱，您需要确认收款情况、与执行法官沟通、处理执行案件的结案事宜，并注意保留支付凭证、及时沟通与报告以及关注执行进展。通过这些措施，您可以确保执行程序的圆满结束，并维护自己的合法权益。