在申请强制执行期间，如果对方已经主动履行了还款义务，您可以按照以下详细步骤来处理：

一、确认还款情况

1. 仔细核对金额：首先，您需要仔细核对对方偿还的金额是否与生效法律文书（如判决书、调解书等）上所确定的金额完全一致。这是确保对方已经完全履行了还款义务的重要步骤。

2. 保留相关证据：确保您保留了所有与还款相关的证据，如银行转账记录、收据、对方的书面确认等。这些证据将作为证明对方已经履行还款义务的有力依据，有助于后续与法院的沟通和处理。

二、及时通知执行法院

1. 提交书面申请或联系承办法官：一旦确认对方已经还款，您应立即将这一情况告知执行法院。您可以选择提交书面申请，详细说明还款情况，并附上相关证据；或者联系承办法官，口头告知并约定时间提交证据。

2. 提供还款证据：向法院提供还款的相关证据，以便法院能够核实还款事实。法院在核实无误后，会根据实际情况作出相应处理。

三、申请结案或撤销执行申请

1. 申请结案：如果法院已经对案件进行了立案执行，且对方已经全额履行了还款义务，您可以向法院申请结案。法院在核实相关情况后，会作出结案裁定，标志着案件的正式结束。

2. 撤销执行申请：在某些情况下，如果您认为继续执行已无必要（例如，对方已经提前还清了全部债务），您也可以向法院提出撤销执行申请。法院在审查后，可能会同意您的申请并终止执行程序。

四、后续事项处理

1. 解除保全措施：如果在执行过程中采取了财产保全措施（如查封、扣押、冻结等），在对方履行还款义务后，您应及时向法院申请解除这些保全措施。这是为了避免给对方造成不必要的损失，也是维护双方合法权益的重要步骤。

2. 关注费用退还：根据相关规定，如果执行申请费是由申请人预交的，且在执行过程中双方达成和解协议并已履行完毕的，法院可能会根据实际情况决定是否退还部分或全部执行申请费。因此，您可以关注这一费用的退还情况，确保自己的权益得到充分保障。

综上所述，当对方在申请强制执行期间已经履行了还款义务时，您应按照上述步骤及时处理，以确保案件的顺利结束和双方合法权益的维护。