关于“扣存休的假是否算工时”的问题，结论是：这取决于具体的劳动合同约定、公司规章制度以及相关法律法规的综合应用，不能一概而论。下面我将从几个角度详细分析这个问题：
劳动合同与公司规章制度：
- 首先，要查看劳动合同中是否有关于存休假的具体规定。如果合同中明确规定了存休假可以折算为工时或者有相应的补偿机制，那么公司扣存休假并折算为工时可能是合法的。
- 其次，公司规章制度也是重要的参考依据。如果公司规章制度中明确规定了存休假的处理方式，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行也是合理的。
法律法规的考量：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利。存休假，如果属于劳动者应享有的休息休假范畴，那么公司无权随意剥夺或折算为工时，除非得到劳动者的明确同意或者符合法律法规的特别规定。
- 如果公司扣存休假并折算为工时，实际上是在变相延长劳动者的工作时间，这可能涉及到加班工资的支付问题。根据法律规定，加班应当支付加班费，且加班时间也有一定的限制。
实际操作中的建议：
- 对于劳动者来说，如果公司提出扣存休假并折算为工时，应当首先查看劳动合同和公司规章制度中的相关规定，了解自己的权益。
- 如果认为公司的做法不合理或违法，可以与公司进行协商，要求公司按照法律法规和合同约定执行。
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
举例说明：
假设某公司规章制度中规定，员工每月有4天的存休假，可以在年底一次性休完或者按照一定比例折算为工资。如果某员工在年底前因工作原因未能休完存休假，公司提出按照一定比例折算为工时并支付相应的工资，且这一做法在劳动合同和公司规章制度中均有明确规定，且不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法就是合法的。
总结与建议：
扣存休的假是否算工时，需要综合考虑劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的规定。如果对此有疑问或认为公司的做法不合理，建议直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律意见和帮助。