针对房款已付清但未办理房产证的情况，双方可签订一份补充协议，明确各自权利义务及后续房产证办理的责任划分。以下为协议核心要点及示例条款：

一、协议核心要点

1. 确认房款支付情况：明确买方已全额支付房款，卖方确认收款。
2. 明确房产证办理责任：约定由哪一方负责办理房产证，并明确办理期限。
3. 约定违约责任：若因一方原因导致房产证无法按时办理，应承担何种违约责任。
4. 其他条款：如房屋交付、税费承担、争议解决方式等。

二、示例协议条款

甲方（卖方）：
姓名：________
身份证号：________
联系方式：________

乙方（买方）：
姓名：________
身份证号：________
联系方式：________

鉴于：

1. 甲乙双方于_年_月_日签订《房屋买卖合同》（合同编号：__），约定甲方将位于__的房屋（房产证号：__，建筑面积：_____平方米）出售给乙方。
   
2. 乙方已按合同约定全额支付房款人民币_____元（大写：_____），甲方确认收款。
   
3. 因________原因，房屋产权证尚未办理至甲方名下，导致无法直接过户至乙方名下。
   

现双方经协商一致，达成如下补充协议：

第一条 房款支付确认
乙方已按《房屋买卖合同》约定，于_年_月_日向甲方支付全部房款人民币__元（大写：_____），甲方确认已全额收到，无任何异议。

第二条 房产证办理责任

1. 甲方承诺于_年_月____日前，将房屋产权证办理至甲方名下，并立即配合乙方办理过户手续。
   
2. 若因甲方原因（如未及时提交材料、未缴纳税费等）导致房产证无法按时办理，甲方应承担全部责任，并赔偿乙方因此遭受的损失（包括但不限于律师费、诉讼费、差旅费等）。
   

第三条 违约责任

1. 若甲方未按本协议第二条约定办理房产证或配合过户，每逾期一日，应按房屋总价款的_‰向乙方支付违约金；逾期超过_日的，乙方有权解除合同，并要求甲方返还已付房款及赔偿损失。
   
2. 若乙方未按本协议约定配合办理过户手续，每逾期一日，应按房屋总价款的_‰向甲方支付违约金；逾期超过_日的，甲方有权解除合同，并要求乙方承担违约责任。
   

第四条 其他条款

1. 本协议未尽事宜，由双方协商解决；协商不成的，可向房屋所在地人民法院提起诉讼。
   
2. 本协议一式两份，甲乙双方各执一份，自双方签字（或盖章）之日起生效。
   

甲方（签字/盖章）：________
日期：_年_月____日

乙方（签字/盖章）：________
日期：_年_月____日

三、注意事项

1. 协议需双方自愿签订：确保协议内容是双方真实意思表示，无胁迫、欺诈等情形。
   
2. 明确办理期限：房产证办理期限应具体、明确，避免模糊表述（如“尽快办理”）。
   
3. 违约责任需合理：违约金比例应合理，过高或过低均可能被法院调整。
   
4. 保留相关证据：签订协议后，双方应保留好付款凭证、协议原件等证据，以备不时之需。
   

若对协议内容或签订流程有疑问，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供进一步建议。