结论：借款未还每天扣千分之一滞纳金是否合法，需分情况讨论。一般来说，若该滞纳金实质为违约金或逾期利息，且其年利率超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的，超出部分不受法律保护；若未超过，则可能是合法的，但具体还需结合合同条款及实际情况判断。

分析说明：

1. 滞纳金性质：

   • 在民间借贷中，双方约定的“滞纳金”通常实质上为违约金或逾期利息。其合法性主要取决于是否超过了法律规定的利率上限。

2. 法律规定：

   • 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，出借人与借款人既约定了逾期利率，又约定了违约金或者其他费用，出借人可以选择主张逾期利息、违约金或者其他费用，也可以一并主张，但是总计超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的部分，人民法院不予支持。
   • 假设当前一年期贷款市场报价利率为3.85%（具体数值可能随时间变化），则其四倍为15.4%。若双方约定的滞纳金（以年利率计算）超过此数值，则超出部分不受法律保护。

3. 具体计算：

   • 每天扣千分之一滞纳金，换算成年利率为：\(0.1\% imes 365 = 36.5\%\)。
   • 显然，36.5%远超过了15.4%的法定上限，因此，若以此标准计算滞纳金，超出部分将不受法律保护。

4. 合同条款与实际情况：

   • 除了利率上限外，还需考虑合同条款的具体约定。如果合同中明确规定了滞纳金的计算方式，且该方式未违反法律法规的强制性规定，同时双方当事人在签订合同时均处于自愿、平等、公平、诚实信用的原则下，那么该条款可能是有效的。
   • 但实际上，由于每天千分之一的滞纳金年利率过高，很可能被法院认定为“过高”的违约金或利息，从而进行调整。

行动建议：

• 对于出借人：在约定滞纳金时，应确保其年利率不超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍，以避免法律风险。
• 对于借款人：若认为约定的滞纳金过高，可以与出借人协商降低，或在诉讼中请求法院进行调整。
• 双方均可：在签订借款合同时，应明确约定滞纳金的性质、计算方式及上限，以避免后续纠纷。同时，建议咨询专业律师，以确保合同条款的合法性和有效性。

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