是的，“免予起诉”制度已经被废除，取而代之的是现行的不起诉制度。以下是对这一问题的详细解释：

一、历史沿革

“免予起诉”是1979年《刑事诉讼法》中规定的制度，它允许检察机关对虽已构成犯罪，但依法不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的被告人，作出免予向法院提起公诉追究刑事责任的决定。然而，这一制度在1996年《刑事诉讼法》修订时被废除，主要原因是它不符合“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪”的法治原则。

二、现行不起诉制度

现行的不起诉制度更加科学、严谨，它涵盖了法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种类型：

1. 法定不起诉：

   • 根据《刑事诉讼法》第十六条的规定，存在情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪等六种情形的，人民检察院应当作出不起诉决定。
   • 这意味着从法律上认定行为人不构成犯罪，因此不存在刑事处罚的问题。

2. 酌定不起诉：

   • 《刑事诉讼法》第一百七十七条第二款规定，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
   • 这种情况下，虽然行为人有犯罪事实，但检察院综合全案情况认为不需要通过刑罚手段进行制裁，因此也不会受到刑事处罚。

3. 证据不足不起诉：

   • 依据《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款的规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
   • 此时，由于证据无法证明犯罪事实，按照疑罪从无的原则，不构成犯罪，自然也不存在刑事处罚。

三、法律后果与意义

• 法律后果：被不起诉人在法律上视为无罪，无需承担刑事责任。案件终结，不再进入审判程序。但被不起诉人可能需要履行一定的法律义务或接受相关的教育、矫治等措施，具体视案件情况而定。
• 意义：不起诉制度是对犯罪嫌疑人合法权益的重要保障，也是维护司法公正和诉讼程序规范的重要手段。它体现了检察机关对犯罪嫌疑人或被告人的审慎处理态度，以及根据案件具体情况和法律规定作出合理决定的原则。

四、与“免予起诉”的区别

• 定义不同：“免予起诉”是旧法概念，指对已构成犯罪但依法不需判处刑罚或可免除刑罚的被告人不作起诉决定；而不起诉制度是现行法律规定，涵盖更广泛的适用条件和情形。
• 适用法律依据不同：“免予起诉”依据的是旧《刑事诉讼法》，而不起诉制度则依据现行《刑事诉讼法》及相关司法解释。
• 法律后果的表述不同：虽然两者在法律后果上都意味着案件终结、不追究刑事责任，但“免予起诉”更多强调了对被告人的特殊处理方式，而不起诉制度则更注重于对犯罪嫌疑人合法权益的保护和诉讼程序的规范性。

综上所述，“免予起诉”制度已经被废除，现行的是不起诉制度。这一变化体现了我国刑事诉讼制度的进步和完善，更加符合法治原则和司法公正的要求。如果您在刑事案件方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。