“免予起诉”制度已被废止，主要原因是其与现代刑事诉讼理念及制度设计存在不适应之处，1996年修订后的《刑事诉讼法》正式取消了该制度，并代之以更为科学、严谨的不起诉制度。以下是对这一问题的详细分析：

一、免予起诉制度的历史沿革

原“免予起诉”制度是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人的行为虽已构成犯罪，但依法不需要判处刑罚或者应当免除刑罚时，所做的不将犯罪嫌疑人提交人民法院审判的处理决定。这一制度在特定历史时期对于节约司法资源、快速处理轻微犯罪案件起到了一定作用。

二、免予起诉制度被废止的原因

1. 与现代刑事诉讼理念不符：

   • 现代刑事诉讼理念强调程序的公正性和被告人的权利保障。免予起诉制度在一定程度上绕过了法院的审判程序，可能损害了被告人的诉讼权利，如辩护权、质证权等。
   • 不起诉制度则更注重程序的正当性和被告人的权益保护，要求检察机关在作出不起诉决定前，必须充分审查证据，听取犯罪嫌疑人、被害人及其诉讼代理人的意见，确保决定的公正性和合法性。

2. 制度设计存在缺陷：

   • 免予起诉制度在适用条件上较为模糊，缺乏明确的标准和程序规范，容易导致司法实践中的滥用和误用。
   • 不起诉制度则通过法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种类型，明确了不起诉的适用条件和程序，增强了制度的可操作性和透明度。

3. 与司法改革趋势不符：

   • 随着司法改革的深入推进，我国刑事诉讼制度逐渐向更加公正、高效、权威的方向发展。免予起诉制度作为旧有制度的代表，已经无法适应现代司法改革的需求。
   • 不起诉制度作为现代刑事诉讼制度的重要组成部分，更符合司法改革的方向和目标，有助于提升司法公信力和诉讼效率。

三、现行不起诉制度的优势

1. 保障被告人权益：

   • 不起诉制度要求检察机关在作出不起诉决定前，必须充分听取犯罪嫌疑人、被害人及其诉讼代理人的意见，确保被告人的诉讼权利得到充分保障。
   • 被不起诉人在法律上视为无罪，无需承担刑事责任，这有助于避免对无辜者的错误追究和过度惩罚。

2. 提高诉讼效率：

   • 不起诉制度通过分流案件，将不符合起诉条件的案件提前终结，避免了不必要的审判程序，从而提高了诉讼效率。
   • 这有助于节约司法资源，使法院能够更专注于处理重大、复杂的刑事案件。

3. 促进社会和谐：

   • 不起诉制度在适用时，往往考虑犯罪嫌疑人的悔罪表现、积极赔偿损失、取得被害人谅解等情节，这有助于促进双方的和解和社会的和谐稳定。
   • 通过非刑罚处罚方式处理轻微犯罪案件，有助于减少社会对立面，增强社会的凝聚力和向心力。

总结来看，“免予起诉”制度因其与现代刑事诉讼理念及制度设计存在不适应之处而被废止。现行的不起诉制度以其更加科学、严谨的程序设计和法律适用，为犯罪嫌疑人提供了更为全面的合法权益保障，同时也提高了诉讼效率和社会和谐度。如果您在刑事案件或司法行政方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。