在司机不是全责的情况下，物流公司的赔偿需根据具体责任划分、保险情况及合同约定综合确定。以下是详细分析：

1. 责任划分是核心依据
   根据《民法典》第1213条，交通事故赔偿首先由交强险在限额内赔付，不足部分按责任比例分担。例如：

   • 若司机负次责（如30%），则物流公司仅需承担该比例的赔偿责任；
     
   • 若对方全责，物流公司原则上无需赔偿，但需配合受害方向对方保险公司索赔。
     关键点：需以交警出具的《交通事故责任认定书》为准，这是划分赔偿比例的法定依据。

2. 物流公司的赔偿范围

   • 对第三方（受害方）：
     物流公司需按责任比例赔偿医疗费、误工费、残疾赔偿金等（具体项目见《人身损害赔偿司法解释》）。若车辆投保商业三者险，超出交强险部分由保险公司代为赔付。
     
   • 对己方司机：
     若司机因工受伤，物流公司需承担工伤赔偿责任（如医疗费、伤残补助金），即使司机存在过错（除非系故意或重大过失）。
     例外情形：若司机存在酒驾、逃逸等违法行为，保险公司可能拒赔，此时物流公司需自行承担赔偿责任。

3. 合同约定可能影响赔偿

   • 若物流公司与托运人签订运输合同，需审查合同中关于“责任限制”或“免责条款”的约定。例如：
     
     • 合同约定“物流公司仅对自身过错负责”，则非全责时可主张免责；
       
     • 合同约定“按比例赔偿”，则需严格按责任划分承担。
       提示：合同条款不得违反法律强制性规定（如完全免除自身责任），否则可能被认定无效。

4. 实务建议

   • 立即报案：事故发生后48小时内通知保险公司，并保留现场证据；
     
   • 固定证据：收集医疗记录、维修发票、责任认定书等材料；
     
   • 协商与诉讼：优先与对方协商赔偿，协商不成可向法院起诉，同时申请财产保全防止对方转移资产。
     

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