结论前置：当案件经过二次退回补充侦查后仍然没有新证据时，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，人民检察院通常应当作出不起诉的决定。不过，也存在一些特殊情况或例外，下面我将从多个角度为你详细分析。
一、法律依据与常规处理
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条：
- 人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
- 补充侦查以二次为限，且每次补充侦查应在一个月以内完成。
- 对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
处理方式：
- 作出不起诉决定：如果经过两次退回补充侦查后，检察机关仍然认为证据不足，不符合起诉条件，应当依法作出不起诉决定。这意味着被追诉人将不再面临刑事审判，其法律地位将得到恢复。
- 通知相关方：人民检察院在作出不起诉决定后，应当及时通知公安机关、被害人及其诉讼代理人等相关方。被害人如果对不起诉决定不服，可以在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉；也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。
- 解除强制措施：如果犯罪嫌疑人在案件审查起诉期间被采取了强制措施（如拘留、逮捕等），在作出不起诉决定后，人民检察院应当立即解除这些强制措施。
二、特殊情况与例外
提起公诉但需承担举证责任：
- 在极少数情况下，如果现有证据虽不完美但已达到定罪标准（如间接证据形成完整链条），人民检察院可能会选择提起公诉。但这种情况下，检察官需承担败诉风险，因为法院可能因证据瑕疵判决无罪。
发现新线索的后续程序：
- 若在审查起诉期间发现新线索（如鉴定报告矛盾点），可再次启动退侦程序，但不得超过法定次数。这意味着，如果二次退侦后发现了新证据，案件可能会再次进入补充侦查阶段。
非法证据排除的影响：
- 若退侦前已排除非法证据，剩余证据仍无法形成闭环，则更倾向于不起诉。这是为了保障被告人的合法权益，防止因非法证据而导致冤假错案。
认罪认罚从宽的考量：
- 如果被告人自愿认罪并提供合理解释，人民检察院可结合其他证据综合判断是否提起公诉。这种情况下，被告人的认罪态度可能会成为影响案件处理的重要因素。
三、实务操作中的注意事项
证据标准的动态把握：
- 在实务操作中，需区分“证据确实充分”与“排除合理怀疑”的标准，避免因机械适用法律导致放纵犯罪或冤枉无辜。
侦查终结报告的审查重点：
- 核查是否穷尽侦查手段（如电子数据恢复、跨区域协查等），防止草率结案。这是为了确保案件得到全面、深入的调查，保障被告人的合法权益。
类案检索与量刑预判：
- 参考同类案件裁判结果，评估起诉风险与社会效果。这有助于检察机关在作出决定时更加客观、公正，避免出现同案不同判的情况。
四、当事人权利救济途径
- 被害人申诉：对不起诉决定不服的，被害人可在7日内向上一级检察院申诉。
- 嫌疑人异议：嫌疑人可通过辩护人提出法律意见，申请羁押必要性审查。
- 司法监督：法院在审理阶段仍可依职权调查核实证据，防止冤假错案。
总结与建议：当案件经过二次退回补充侦查后仍然没有新证据时，人民检察院通常应当作出不起诉的决定。不过，也存在一些特殊情况或例外，如提起公诉但需承担举证责任、发现新线索的后续程序等。在实务操作中，需动态把握证据标准、审查侦查终结报告、参考同类案件裁判结果等。如果你或你身边的人遇到类似情况，建议及时咨询专业律师（即我本人），以便更好地了解案件进展和自身权益。