结论：商业合同一式两份但甲方只签了一份，在一般情况下该合同仍然是有效的，但具体效力及潜在风险需结合实际情况分析。
一、合同的有效性分析
合同生效的基本要素：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效需满足三个基本条件：当事人具有相应民事行为能力、意思表示真实、内容合法合规且不违背公序良俗。只要这些条件得到满足，合同即具有法律效力，无论其是一式一份还是一式两份。
合同份数并非生效要件：
- 法律并未规定合同必须一式两份才生效。因此，即使商业合同只签订了一份，只要双方当事人在合同上签字、盖章或按指印，且合同内容符合法律规定，该合同即被视为有效。
二、仅有一份合同的潜在风险
尽管一份合同在法律上是有效的，但仅持有一份可能带来以下风险：
证据风险：
- 如果合同内容被单方修改，且另一方无法提供原始合同作为对照，修改后的合同内容可能会被视为有效，从而对未持有合同的一方产生不利影响。例如，若甲方在持有合同后擅自修改了某些条款，而乙方无法证明这些条款是事后被修改的，那么乙方可能需按照修改后的条款履行合同。
维权困难：
- 在合同履行过程中若发生纠纷，不持有合同的一方可能会因无法及时提供证据而面临维权难题。例如，若乙方需要证明甲方未按照合同约定履行义务，但无法提供合同原件作为证据，那么乙方的维权过程可能会更加艰难。
三、建议与措施
为了避免上述法律风险，建议当事人在签订合同时采取以下措施：
签订两份合同：
- 双方各持一份合同，以便在需要时能够迅速提供证据。这样可以有效防止合同被单方面修改，并在发生纠纷时提供有力的证据支持。
妥善保管合同：
- 将合同存放在安全、易取的地方，以防丢失或损坏。同时，建议对合同进行备份，以进一步确保合同的安全性和可追溯性。
考虑电子合同形式：
- 在现代科技的支持下，可以考虑使用电子合同形式。电子合同不仅方便存储和查找，还能通过技术手段确保合同的完整性和真实性。例如，使用电子签名技术可以确保合同在签署过程中的真实性和不可篡改性。
总结：商业合同一式两份但甲方只签了一份，在满足合同生效的基本要素下，该合同仍然是有效的。但为了规避潜在的法律风险，建议当事人还是应尽可能签订并各自保管一份合同。如果您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。