针对您提出的问题，关于公司及员工劳动合同不见了，且用人单位已经变更的情况下如何补办，以及补办时应该盖新公章还是旧公章的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、劳动合同补办流程
及时沟通：
- 首先，您应尽快与当前用人单位的人力资源部门或相关负责人取得联系，说明劳动合同丢失的情况，并表达补办的意愿。
准备相关材料：
- 根据用人单位的要求，准备必要的身份证明文件（如身份证复印件）、工作证明（如工牌、工资条等）以及其他可能需要的材料。
填写补办申请：
- 填写用人单位提供的劳动合同补办申请表，详细说明丢失原因、补办需求等信息。
审核与补办：
- 用人单位会对您的申请进行审核，确认无误后，会为您补办新的劳动合同。
二、关于补办时盖新公章还是旧公章的问题
用人单位变更情况：
- 既然用人单位已经变更，那么通常意味着原用人单位的法律主体已经不存在或发生了重大变化。在这种情况下，使用旧公章显然是不合适的，因为旧公章可能已经失效或不再具有法律效力。
使用新公章：
- 您应该要求用人单位在补办的劳动合同上加盖新的公章。新公章代表了变更后的用人单位的法律主体身份，具有法律效力。
确认公章真实性：
- 在加盖新公章前，您可以要求用人单位出示公章备案证明或其他相关文件，以确认新公章的真实性和合法性。
三、额外建议
保留证据：
- 在补办劳动合同的过程中，建议您保留好所有与用人单位沟通的记录、申请表、新公章样本等证据，以备不时之需。
了解法律法规：
- 如果您对劳动合同补办流程或公章使用有疑问，可以咨询当地的劳动保障部门或法律专业人士，以了解相关法律法规和政策。
关注变更影响：
- 用人单位变更可能涉及员工权益的多个方面，如工资、福利、社保等。建议您密切关注变更后的相关政策变化，确保自己的权益不受影响。
综上所述，当公司及员工劳动合同不见且用人单位已经变更时，您应及时与用人单位沟通并准备相关材料进行补办。在补办过程中，应要求用人单位加盖新的公章，并保留好相关证据。如有需要，您可以咨询当地的劳动保障部门或法律专业人士以获取更详细的帮助和指导。