结论：在您所描述的情况下，即医生建议休息三个月但停工留薪期目录上有六个月，停工留薪期一般应按照目录上的六个月来确定，但具体还需结合实际情况和当地规定进行综合判断。
分析说明：
停工留薪期的确定原则：
- 停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期间。其期限一般根据医疗机构的诊断证明和停工留薪期分类目录来确定。
- 在您的情况下，虽然医生只写了建议休息三个月，但停工留薪期目录上明确规定了六个月。通常情况下，目录上的规定更具权威性和指导性，因此应优先考虑。
医生建议与目录规定的冲突处理：
- 医生建议是基于患者的具体病情和康复情况给出的，而停工留薪期目录则是根据一般情况和医学经验制定的。两者之间可能存在差异。
- 当医生建议与目录规定不一致时，应首先参考目录规定。如果职工或用人单位对目录规定的停工留薪期有异议，可以向当地劳动能力鉴定委员会申请确认。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，用人单位和职工应严格按照停工留薪期的规定执行。用人单位不得擅自缩短或延长停工留薪期，职工也不得无故拒绝复工或提前复工。
- 如果职工在停工留薪期内需要延长治疗或康复时间，应及时向用人单位和医疗机构说明情况，并按照规定程序申请延长停工留薪期。
特殊场景：
- 如果当地有特殊规定或政策，明确要求在医生建议与目录规定不一致时以医生建议为准，那么应遵循当地规定。但这种情况较为少见，且通常会有明确的法律条文或政策文件作为依据。
后续行动建议：
- 与用人单位沟通：首先，您可以与用人单位沟通，说明停工留薪期目录上的规定，并要求按照目录上的六个月来确定停工留薪期。
- 申请劳动能力鉴定：如果用人单位不同意，您可以向当地劳动能力鉴定委员会申请确认停工留薪期。在申请时，您需要提供医疗机构的诊断证明、停工留薪期目录等相关材料。
- 咨询法律专业人士：如果您在处理过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况和当地规定，为您提供专业的法律建议和帮助。
法律背景：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。