结论前置：员工在持有合法医生开具的病例单（病假条）且遵循单位请假流程的情况下，公司一般不能随意扣工资，但具体待遇需结合单位规章制度、劳动合同及当地法律法规综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一、法律规定保障病假工资

1. 《中华人民共和国劳动法》相关规定：

   • 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有合法依据，否则公司不能随意扣除员工的工资。
   • 若公司克扣或者无故拖欠劳动者工资，劳动行政部门将责令其支付工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。

2. 《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》：

   • 企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
   • 在规定的医疗期内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。例如，若当地月最低工资标准为2000元，则员工病假期间工资最低不得少于1600元。

3. 《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》：

   • 职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。

二、单位规章制度与劳动合同的影响

• 虽然法律规定了病假工资的基本标准，但具体执行还需参考单位规章制度和劳动合同中的相关条款。若单位有明确规定病假期间工资支付方式，且不违反法律法规，则应按此规定执行。
• 因此，员工在入职时应仔细审查劳动合同，了解单位关于病假工资的具体规定。同时，单位也应确保其规章制度合法合规，不与法律法规相抵触。

三、病假条的合法性与请假流程的重要性

• 员工提供的病假条必须真实有效，且需符合单位的请假流程。若病假条存在伪造或未按流程请假的情况，单位有权不予认可，并可能按照旷工处理。
• 因此，员工在请病假时，应确保病假条的真实性和合法性，并严格按照单位规定的流程进行请假。这不仅是维护自身权益的需要，也是遵守单位规章制度的表现。

四、公司违规扣工资的处理办法

• 若公司违反规定克扣病假期间工资，员工可采取以下措施维护自身权益：
  1. 与公司协商：首先尝试与公司沟通，明确指出其行为不符合法律规定，要求公司按规定支付病假工资。
  2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司限期支付克扣的工资。
  3. 申请劳动仲裁：员工还可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付克扣的工资及相应的经济补偿。

五、特殊情况下的病假工资处理

• 长期病假：对于连续休假超过6个月的员工，公司应支付疾病救济费，具体标准与员工的连续工龄相关。
• 试用期病假：若员工在试用期内休病假，且试用期包含在劳动合同期限内，公司也应按照相关规定支付病假工资。

总结与建议：员工在病假期间应享有相应的工资待遇，公司不得随意克扣。员工应了解并遵守单位规章制度和劳动合同中的相关规定，同时确保病假条的真实性和合法性。若遇公司违规扣工资情况，应及时采取措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。