结论前置：公司辞退员工时，正常工作期间的工资发放应为实发工资，而涉及经济补偿金等赔偿计算时，则应以应发工资为基数。

一、正常工作期间的工资发放

根据《劳动合同法》及相关法律法规，员工被单位辞退时，单位应在解除劳动关系后的法定支付周期内，按时足额支付员工在被辞退前按照劳动合同约定的工资标准和工作天数应获得的工资，即实发工资。实发工资是劳动者实际到手的工资，已经扣除了个人缴纳的社保、公积金、个人所得税等费用。这一规定确保了劳动关系的真正解除，并避免了后续纠纷。

二、经济补偿金的计算基础

若因公司原因违法辞退员工，员工除可获得正常工资外，还有权获得经济补偿金。经济补偿金的计算标准通常为员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。关于经济补偿金中月工资的计算基础，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条明确规定，应按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。

• 应发工资：指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。应发工资更能全面、真实地反映劳动者的劳动价值和收入水平。
• 实发工资：是劳动者实际到手的工资，即应发工资扣除个人缴纳的社保、公积金、个人所得税等费用后的金额。如果以实发工资作为经济补偿金的计算基数，会因扣除项目导致金额低于劳动者实际劳动所得，对劳动者权益造成损害。

三、具体计算示例与公式

假设员工小李的月应发工资为10000元，扣除社保、公积金个人部分及个人所得税后，实发工资为8000元。若公司违法辞退小李，需支付经济赔偿金时，应以10000元作为计算基数。

• 经济补偿金计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（应发工资）
  • 若小李在公司工作3年，则经济补偿金 = 3 × 10000元 = 30000元。

四、特殊情况下的处理

• 如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准，那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。
• 如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。

五、法律建议与后续行动

• 明确约定：为避免后续纠纷，建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定经济补偿金的计算方式。
• 及时足额支付：用人单位在辞退员工时，应确保工资的及时、足额发放，并依法支付经济补偿金（如适用），以维护劳动者的合法权益。
• 投诉维权：如果单位未按时足额支付，员工有权向劳动监察大队投诉维权。

综上所述，公司辞退员工时，正常工作期间的工资发放应为实发工资，而涉及经济补偿金等赔偿计算时，则应以应发工资为基数。这一规定既符合法律法规，也能更全面地保障劳动者的权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。