辞退工资的发放涉及两个核心概念：正常工作期间的工资支付与经济补偿金的计算，前者为实发工资，后者通常以应发工资为基数。以下从不同角度为您详细分析：

一、正常工作期间的工资支付：实发工资

根据《劳动合同法》及相关法律法规，员工被单位辞退时，单位应在解除劳动关系后的法定支付周期内，按时足额支付员工在被辞退前按照劳动合同约定的工资标准和工作天数应获得的工资，即实发工资。实发工资是劳动者实际到手的工资，已经扣除了个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分以及其他可能的扣款（如迟到罚款等）。这一规定确保了劳动关系的真正解除，避免了后续纠纷。

二、经济补偿金的计算：应发工资

若因公司原因违法辞退员工，员工除可获得正常工资外，还有权获得经济补偿金。经济补偿金的计算标准通常为员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。关于经济补偿金中月工资的计算基础，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条明确规定，劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。

应发工资是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，是在任何税费和其他扣款之前的总额。以应发工资作为经济补偿金的计算基数，能够更全面、真实地反映劳动者的劳动价值和收入水平，保障劳动者的合法权益。如果以实发工资作为计算基数，会因扣除项目导致金额低于劳动者实际劳动所得，对劳动者权益造成损害。

三、具体计算示例

假设员工小张每月基本工资5000元，加上奖金500元和各项补贴300元，那么他的应发工资为5800元。若当月扣除个人所得税100元、社保个人缴纳部分300元、住房公积金个人缴纳部分500元，其实发工资为4900元。若公司违法辞退小张，需支付经济赔偿金时，应以5800元（应发工资）作为计算基数，而非4900元（实发工资）。

四、特殊情况下的处理

• 如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准，那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。
• 如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。

五、法律建议

1. 明确约定：为避免后续纠纷，建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定经济补偿金的计算方式。
2. 及时足额支付：用人单位在辞退员工时，应确保工资的及时、足额发放，并依法支付经济补偿金（如适用），以维护劳动者的合法权益。
3. 维权途径：如果单位未按时足额支付，员工有权向劳动监察大队投诉维权。

综上所述，辞退员工的工资发放应确保正常工作期间的实发工资按时足额支付，而涉及经济补偿金等赔偿计算时，则应以应发工资为基数。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。