结论前置：辞退员工的经济补偿金是按照劳动者的应发工资来计算，而非实发工资。下面我将从法律依据、应发工资与实发工资的区别、为何采用应发工资计算以及特殊情况处理等角度为你详细分析。

法律依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条明确规定，劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等所有货币性收入。
2. 《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条也指出，经济补偿金的计算是基于劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，此处的“平均工资”指的是应发工资。

应发工资与实发工资的区别

• 应发工资：是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，是在任何税费和其他扣款之前的总额。
• 实发工资：是劳动者实际收到的工资，即应发工资扣除个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分以及其他可能的扣款（如迟到罚款等）后的净额。

为何采用应发工资计算

• 全面反映收入：应发工资能更全面、真实地反映劳动者的收入状况，因为它包含了所有货币性收入。
• 保障劳动者权益：实发工资由于扣除了多项费用，不能准确体现劳动者的完整收入情况，因此不适合作为经济补偿金的计算基础。以应发工资为计算基数，能够确保劳动者在获得经济补偿时，其权益得到充分保障。

具体计算示例

假设员工小张每月基本工资5000元，加上奖金500元和各项补贴300元，那么他的应发工资为5800元。若当月扣除个人所得税100元、社保个人缴纳部分300元、住房公积金个人缴纳部分500元，其实发工资为4900元。在辞退计算经济补偿时，应以5800元（应发工资）为准，而非4900元（实发工资）。

特殊情况处理

• 月平均工资低于最低工资标准：如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准，那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。
• 工作不满12个月：如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。
• 加班工资与未实际发放福利：对于加班工资，如果劳动合同或公司规章制度中明确将其作为计算经济补偿金的基数组成部分，则应纳入；若未明确规定，实践中一般也会将合理的加班工资计算在内。对于一些已经确定但尚未实际发放的福利，如已确定的年终奖金、季度奖金等，如果在劳动合同解除或终止前已经明确属于劳动者的应得收入，也应计入应发工资范畴来计算经济补偿金。

地方政策与咨询建议

虽然国家层面的法律法规已明确规定了经济补偿金的计算方式，但具体执行时还需考虑当地的相关法律法规及政策。如果你在实际操作中遇到具体问题或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更准确的解答和帮助。

综上所述，辞退员工的经济补偿金是按照劳动者的应发工资来计算的，这一规定既符合法律法规，也能更全面地保障劳动者的权益。希望以上分析能对你有所帮助。