结论前置：公司没有打卡制度却以旷工为由处理员工，员工可以通过收集证据、与公司沟通、申请劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。
详细分析：
公司打卡制度与旷工认定的关系：
- 打卡制度通常是公司用于记录员工出勤情况的一种方式，但它并非认定旷工的唯一依据。如果公司没有明确的打卡制度，或者打卡制度存在漏洞、不合理之处，那么公司不能仅凭未打卡就认定员工旷工。
- 旷工的认定应当基于员工是否实际出勤、是否履行了工作职责等因素进行综合判断。如果员工能够证明自己确实出勤并履行了工作职责，那么公司就不能以旷工为由进行处理。
员工应如何应对公司以旷工为由的处理：
- 收集证据：员工应当积极收集能够证明自己出勤的证据，如工作记录、同事证言、邮件往来、项目进展报告等。这些证据可以证明员工确实在公司工作，并履行了相应的职责。
- 与公司沟通：在收集到足够证据后，员工可以与公司进行沟通，说明自己的情况，并提供相关证据。如果公司仍然坚持认为员工旷工，员工可以要求公司出具书面处理决定，并明确告知公司自己将采取法律手段维护权益。
- 申请劳动仲裁：如果与公司沟通无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁。在仲裁过程中，员工需要提交相关证据，证明自己并未旷工，并要求公司撤销不合理的处理决定。
可能的法律后果：
- 如果公司确实存在以旷工为由不合理处理员工的情况，劳动仲裁机构可能会裁决公司撤销处理决定，并可能要求公司支付员工因此遭受的损失，如工资、奖金、福利等。
- 如果公司行为构成违法解除劳动合同，员工还可以要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
建议与提醒：
- 员工在日常工作中应当注意保留相关证据，以备不时之需。特别是当公司没有明确的打卡制度时，员工更应当通过其他方式记录自己的出勤情况和工作内容。
- 如果遇到公司以旷工为由不合理处理的情况，员工不要慌张，应当积极收集证据并寻求法律帮助。劳动仲裁是维护员工合法权益的有效途径之一。
进一步思考：
- 在实际操作中，公司可能会以各种理由来规避法律责任。因此，员工在维护自己权益时，需要充分了解相关法律法规和政策，以便更好地应对公司的挑战。
- 如果员工对劳动仲裁结果不满意，还可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要更加充分地准备证据和论据，以支持自己的主张。
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