清包挂靠公司发工资是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 合法情况：

   • 如果清包工（即个人或小团队以承包形式承接工程，并自行组织施工）与挂靠公司之间存在合法的劳务关系或承包合同关系，且挂靠公司按照合同约定或法律规定向清包工支付工资或工程款，这种支付行为是合法的。
   • 在这种情况下，挂靠公司作为发包方或雇主，有义务按照约定支付报酬，清包工作为承包方或劳动者，有权获得相应的工资或工程款。

2. 非法情况：

   • 如果清包工与挂靠公司之间不存在真实的劳务关系或承包合同关系，而是挂靠公司为了规避法律责任（如税务、社保等）或进行其他非法活动，而虚构劳务关系或承包合同关系来支付工资，这种行为是违法的。
   • 例如，挂靠公司可能通过清包工的名义来发放非全日制员工的工资，以规避全日制员工的社保和福利义务；或者挂靠公司可能利用清包工进行虚开发票、洗钱等非法活动。这些行为都违反了相关法律法规，可能会受到法律的制裁。

法律背景与建议：

• 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者之间应当建立真实的劳动关系，并按照约定支付工资。如果挂靠公司与清包工之间不存在真实的劳动关系，而虚构关系来支付工资，就可能构成违法行为。
• 对于清包工来说，如果与挂靠公司之间存在争议或纠纷，应当及时收集证据（如合同、工资单、工作记录等），并向当地劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会投诉或申请仲裁，以维护自己的合法权益。
• 对于挂靠公司来说，应当遵守相关法律法规，建立真实的劳动关系或承包合同关系，并按照约定支付工资或工程款。如果存在违法行为，可能会面临法律制裁和声誉损失。

可能后果：

• 如果挂靠公司非法支付工资被查实，可能会面临税务、社保等部门的处罚，包括罚款、补缴税款和社保费用等。
• 同时，挂靠公司的声誉也会受到损害，可能影响其未来的业务发展和合作机会。

总结与提醒：

• 清包挂靠公司发工资是否合法，取决于双方之间是否存在真实的劳务关系或承包合同关系。
• 如果存在争议或纠纷，建议及时咨询专业律师或相关机构，以获取更具体的法律建议和帮助。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会根据你的具体情况提供详细的解答和建议。