公司员工吃回扣是违法的，且可能构成犯罪。这一结论可以从多个法律角度进行详细分析：
一、违法性认定
民事层面：
- 公司员工接受回扣，违反了对公司的忠实义务。公司有权通过民事诉讼，要求员工返还因回扣获得的不当利益，并赔偿因此给公司造成的全部损失。例如，若员工因收受回扣而给公司带来了直接的经济损失，公司可以要求员工进行赔偿。
行政层面：
- 根据《中华人民共和国反不正当竞争法》，经营者在交易活动中给予对方单位或个人财物或其他利益，构成商业贿赂。若公司作为经营者给予交易相对方回扣，监督检查部门将没收违法所得，并处以十万元至三百万元的罚款。情节严重者，还将被吊销营业执照。虽然这一条款主要针对的是公司作为经营者的行为，但员工作为公司的代表或执行者，其吃回扣的行为也可能间接导致公司承担行政责任。
刑事层面：
- 非国家工作人员受贿罪：依据《中华人民共和国刑法》第一百六十三条，公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务便利索取或非法收受他人财物，为他人谋取利益，且数额较大者，将面临三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大或有其他严重情节者，将受三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或有其他特别严重情节者，则将面临十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金。例如，某公司员工利用职务之便，收受供应商的回扣，并为其提供便利条件，若回扣数额较大，就可能构成此罪。
- 受贿罪：若公司员工属于国家工作人员，利用职务便利进行索贿或受贿，同样将受到法律的严惩。具体刑罚依据受贿数额和情节而定，可能面临有期徒刑、无期徒刑甚至死刑（在特定严重情节下）。例如，国有企业的管理人员收受回扣，就可能构成受贿罪。
二、处理方式与预防措施
处理方式：
- 内部调查：公司发现员工涉嫌吃回扣后，应立即启动内部调查程序，收集相关证据材料。
- 纪律处分：根据内部调查结果，公司应依据规章制度对违规员工进行纪律处分，包括但不限于警告、罚款、降职或解雇等。
- 法律追究：对于涉嫌犯罪的员工，公司应及时将其移送司法机关处理，以确保法律的严肃性和公正性。
预防措施：
- 加强员工培训：提高员工的法律意识和职业道德水平，使其明确吃回扣的违法性和严重后果。
- 建立完善的内部控制制度：确保交易的透明化和规范化，减少员工吃回扣的机会。
- 定期审计和检查：对交易活动进行定期审计和检查，及时发现并纠正违规行为。
- 鼓励举报：鼓励员工积极举报吃回扣等违法行为，对举报人给予适当的奖励和保护。
三、实例说明
- 非国家工作人员受贿罪实例：某民营企业的采购专员，在采购过程中与供应商私下约定收取回扣，并利用职务之便为供应商提供大量订单，收受了数十万元回扣。其行为即构成非国家工作人员受贿罪，将受到法律的制裁。
- 受贿罪实例：某国有公司的业务经理，在签订合同时收受了合作方的回扣并将其据为己有。由于其具有国家工作人员身份，因此其行为构成受贿罪，将面临严重的刑事处罚。
综上所述，公司员工吃回扣是违法的行为，其违法性复杂且后果严重。公司应加强内部管理，完善制度机制，确保员工遵守法律法规和职业道德规范。同时，对于发现的违规行为，应依法依规进行处理，以维护公司的合法权益和市场秩序。如果您或您的公司遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律意见和帮助。