夫妻双方签署协议，约定只就部分财产进行主张，这样的协议在符合法定条件时，通常会被法官认可。以下从不同角度为你详细分析：

协议有效的法定条件

1. 双方真实意思表示：协议必须是夫妻双方在平等、自愿的基础上，真实表达自己的意愿而订立的。如果一方是在被胁迫、欺诈等情况下签署的协议，那么该协议可能因缺乏真实意思表示而被认定为无效。例如，一方以揭露另一方的隐私相威胁，迫使对方签署只主张部分财产的协议，这种情况下协议就可能无效。
2. 不违反法律、行政法规的强制性规定：协议内容必须合法，不能违反国家法律、行政法规的强制性规定。比如，协议中不能约定将夫妻共同财产全部无偿赠与给第三方，而损害另一方的合法权益，这样的约定可能因违反法律强制性规定而无效。
3. 不违背公序良俗：协议内容应当符合社会公德和公共秩序，不能违背公序良俗。例如，协议中约定如果一方出轨，则净身出户，虽然这种约定在一定程度上反映了双方对忠诚义务的重视，但如果约定过于苛刻，可能被认为违背公序良俗而部分或全部无效。不过，对于只主张部分财产的约定，只要不涉及违背公序良俗的内容，通常是有效的。

协议被认可后的法律后果

1. 财产分割依据：如果协议被法官认可，那么在离婚时，法院将按照协议的约定来分割夫妻共同财产。例如，夫妻双方签署协议，约定只对一套房产进行分割，其他财产归一方所有，那么在离婚时，法院将只对该套房产进行分割，其他财产按照协议约定处理。
2. 对第三人的效力：协议只在夫妻双方之间产生法律效力，对第三人一般不具有约束力。但是，如果第三人知道该协议的存在，并且该协议的内容涉及到第三人的利益，那么该协议可能对第三人产生一定的法律后果。例如，夫妻双方签署协议，约定将一套房产归一方所有，但该房产上设有抵押权，抵押权人知道该协议的存在，那么在实现抵押权时，抵押权人仍然有权就该房产主张权利。

特殊情况下的处理

1. 协议存在瑕疵：如果协议存在瑕疵，如签署程序不合法、内容不明确等，那么法院可能不会完全按照协议的约定来分割财产。在这种情况下，法院可能会根据实际情况，结合夫妻双方的贡献、经济状况等因素，对财产进行公平合理的分割。
2. 一方反悔：如果一方在签署协议后反悔，不愿意按照协议的约定来分割财产，那么另一方可以向法院提起诉讼，要求法院确认协议的效力，并按照协议的约定来分割财产。法院将根据协议的效力、双方的实际情况等因素，作出判决。

建议：为了确保协议的有效性，夫妻双方在签署协议时，最好咨询专业律师的意见，并在律师的指导下签署协议。同时，协议应当明确、具体，避免出现模糊不清的条款，以免在日后产生纠纷。如果你有具体的协议内容或者遇到相关纠纷，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。