合同条款写的是加盖公章后生效，但实际盖的是合同章，合同仍然可以生效。以下是对此问题的详细分析：
一、公章与合同章的法律效力
公章：公章是代表公司或组织的正式印章，具有确认文件真实性和合法性的作用。在合同上加盖公章，通常意味着该合同已经得到了公司或组织的正式认可。
合同章：合同章是专门用于签订合同的印章，其法律效力与公章在合同签订方面并无本质区别。合同章的使用，同样能够表明公司或组织对合同内容的认可和接受。
二、合同生效的条件
合同的生效并不仅仅取决于是否加盖了公章或合同章，而是需要满足以下条件：
合同主体资格：合同双方必须具备相应的民事行为能力，能够独立承担民事责任。例如，未成年人、精神病人等无民事行为能力人或限制民事行为能力人签订的合同可能无效。
意思表示真实性：合同双方的意思表示必须真实、自愿，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方是在被欺诈或被胁迫的情况下签订合同，该合同可能被撤销。
合同内容合法性：合同内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。如涉及赌博、贩毒等违法活动的合同，即使盖有公章或合同章也无效。
合同形式要求：虽然合同上加盖印章是合同成立的一种形式，但并非所有合同都必须加盖公章才能生效。根据法律规定或合同约定，某些合同可能需要采用特定的形式才能生效，如书面形式、公证形式等。然而，在大多数情况下，只要合同内容合法、双方意思表示真实，且合同主体具备相应资格，加盖合同章即可使合同生效。
三、实际盖合同章的情况分析
符合合同生效条件：如果合同双方具备相应的民事行为能力，意思表示真实，合同内容合法，且合同形式符合法律规定或合同约定，那么即使合同条款写的是加盖公章后生效，但实际盖的是合同章，合同仍然可以生效。因为合同章在合同签订方面具有与公章相同的法律效力。
存在特殊约定：如果合同中明确约定了必须加盖公章才能生效，那么实际盖合同章可能不符合合同生效的条件。然而，在这种情况下，如果双方能够协商一致并达成补充协议，或者通过其他方式证明双方对合同内容的认可和接受，那么合同仍然有可能生效。
四、建议与风险提示
仔细审查合同条款：在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保合同内容的合法性、真实性和有效性。特别是关于合同生效条件的约定，应明确、具体且符合法律规定。
规范使用印章：公司或组织应建立完善的印章管理制度，确保公章和合同章的安全和合规使用。避免印章被盗用或滥用，从而引发纠纷和法律风险。
及时咨询专业律师：如果在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取专业的法律意见和帮助。
总之，合同条款写的是加盖公章后生效，但实际盖的是合同章，并不必然导致合同无效。只要合同满足生效条件且双方意思表示真实，合同仍然可以生效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。