当合作协议和章程不一致时，一般应以合作协议为准，但具体还需根据实际情况和法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同优先原则：

   • 在商业合作中，合作协议通常是双方就特定合作事项达成的具体约定，具有相对独立性和针对性。而章程则更多是公司或组织内部的治理规则，具有普遍性和基础性。
   • 根据合同法的相关原则，当两个文件对同一事项有不同规定时，通常应以具体、明确的合同约定为准。因此，在合作协议和章程不一致的情况下，合作协议往往具有优先效力。

2. 章程的约束力：

   • 章程作为公司或组织的基本法，对内部成员具有普遍约束力。然而，这种约束力通常是在章程规定的范围内，且不得与法律法规相抵触。
   • 如果合作协议的内容违反了章程中的强制性规定（如公司资本制度、股东权利保护等），那么这部分协议内容可能是无效的。但在此情况下，我们讨论的是合作协议和章程在非强制性规定上的不一致，因此章程的强制性规定并不直接影响合作协议的优先性。

3. 具体情境分析：

   • 在实际操作中，还需要考虑合作协议和章程的签订时间、目的、内容以及双方的真实意图等因素。
   • 如果合作协议是在章程之后签订的，且双方明确约定以合作协议为准，那么显然应以合作协议为准。
   • 如果双方对合作协议和章程的不一致存在争议，且无法通过协商解决，那么可能需要通过法律途径（如诉讼或仲裁）来确定以哪个文件为准。

4. 法律建议：

   • 为了避免合作协议和章程之间的不一致带来的法律风险，建议在签订合作协议前，双方应仔细审查章程内容，确保合作协议与章程不冲突。
   • 如果合作协议和章程确实存在不一致之处，双方应在合作协议中明确约定以哪个文件为准，或者对不一致之处进行特别说明和约定。
   • 在合作过程中，如果双方对合作协议或章程的条款产生争议，应及时咨询专业律师，以便通过合法途径解决争议。

举例说明：假设甲乙两家公司签订了一份合作协议，约定共同投资设立一家新公司，并明确了双方的投资比例、利润分配等事项。然而，在新公司的章程中，却对投资比例和利润分配等事项做出了不同的规定。在这种情况下，如果双方没有在合作协议中明确约定以哪个文件为准，那么根据合同优先原则，通常应以合作协议为准。但如果章程中的规定涉及公司资本制度等强制性规定，且合作协议违反了这些规定，那么这部分协议内容可能是无效的。

总结与提醒：合作协议和章程的不一致可能带来法律风险，因此双方在签订合作协议前应仔细审查章程内容，并在合作协议中明确约定以哪个文件为准或对不一致之处进行特别说明。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。