公司章程与合资合同约定不一致时，应首先明确两者的性质和效力范围，并依据各自适用的法律体系分别处理。具体分析如下：

一. 明确章程与合资合同的性质和效力范围

1. 公司章程：是专为有限责任公司及股份公司设立的，对公司内部管理和运作具有法律约束力的文件。它规定了公司的经营范围、组织机构、股东权利义务等核心内容，是公司运营的基石。根据《公司法》第十一条，设立公司必须依法制定公司章程。

2. 合资合同：通常是合资各方就共同投资、经营、管理等方面达成的协议，其效力主要及于合同当事人，即合资各方。

   • 例如，如果一家公司是中外合资企业，合资合同可能涉及外资的引入、股权分配、利润分配等条款，这些条款主要约束合资各方。

二. 分别处理章程与合资合同的不一致

1. 内部管理与运作：对于公司内部的管理和运作，应主要遵循公司章程的规定。因为公司章程是公司的基本法律文件，对公司、股东、董事、监事以及高级管理人员均具有约束力。

2. 合资各方关系：对于合资各方之间的关系，以及合资的具体事项，应主要依据合资合同的约定。合资合同是合资各方自愿达成的协议，是处理合资各方之间权利义务关系的重要依据。

3. 协商调整：如果公司章程与合资合同在某些具体事项上存在冲突，应通过协商调整的方式解决。这可能需要重新审查并修订公司章程或合资合同，以确保两者在关键问题上保持一致。

   • 例如，如果合资合同中约定的利润分配方式与公司章程中的规定不一致，合资各方应协商确定一个统一的利润分配方式，并相应地修改公司章程或合资合同。

三. 遵循法律规定进行变更登记

如果调整后的公司章程或合资合同涉及经营范围、注册资本等需要依法登记的事项，应按照规定办理变更登记手续，以确保公司运营的合法性和规范性。根据《公司法》第十二条，公司改变经营范围或公司章程时，应当办理变更登记。

综上所述，公司章程与合资合同约定不一致时，应明确两者的性质和效力范围，并依据各自适用的法律体系分别处理。同时，应通过协商调整的方式解决两者之间的冲突，并遵循法律规定进行变更登记。如有进一步需要，您可以继续咨询我。