结论：是否可以在补休后申请车费补贴，需结合公司规章制度、劳动合同约定及加班性质综合判断，以下分情况说明：

1. 若公司规章制度或劳动合同明确规定“加班车费补贴与加班时长挂钩，不因补休而免除”
   例如：公司规定“晚21点后下班可报销打车费”，或劳动合同约定“加班超过3小时可申请交通补贴”。此时，即使员工后续通过补休抵消了加班时长，只要加班事实存在（如已打卡记录、加班审批单等），仍可依据规定申请车费补贴。
   法律依据：根据《劳动合同法》第3条，依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应履行约定义务。若规章制度或合同未排除补休后的补贴权利，员工主张补贴具有合理性。

2. 若公司规章制度或劳动合同将车费补贴与“实际加班日”绑定，且明确补休后不再享受补贴
   例如：公司规定“加班车费补贴仅限加班当日申请，补休后视为放弃补贴”。此时，员工在补休后申请补贴可能缺乏依据，但需注意：

   • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则可能因程序违法而无效（《劳动合同法》第4条）；
     
   • 若补贴属于“福利性质”（如公司自愿提供的额外待遇），而非法定或合同约定的义务，公司有权单方调整或取消，但需提前告知员工。

3. 若公司未明确规定，需结合加班性质和行业惯例判断

   • 法定加班：如工作日延长加班、休息日加班且未安排补休、法定节假日加班，员工有权主张加班费及可能的补贴（如交通费）。此时补休仅抵消加班时长，不影响补贴申请；
     
   • 自愿加班：若加班未经公司审批或属于员工自发行为，公司可能拒绝补贴，但需以规章制度明确约定为前提。
     建议：员工可收集加班记录（如打卡、审批单）、补贴申请记录等证据，与公司协商或通过劳动仲裁主张权利。

行动建议：

• 优先查阅劳动合同、员工手册中关于“加班补贴”“补休”的条款；
  
• 若条款模糊或存在争议，可向公司人力资源部门书面询问补贴政策依据；
  
• 如公司拒绝补贴且无合理依据，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步细节（如公司具体规定、加班类型等），可随时补充说明，我会为您详细分析。