总经理不参与打卡且未休年休假时，年休假工资的计算需分情况讨论，具体如下：

1. 关于不参与打卡的合法性
   若公司规章制度明确规定高管（如总经理）可不参与打卡，且该制度已通过民主程序制定并公示（如职工代表大会讨论、劳动合同约定或员工手册确认），则总经理不参与打卡的行为合法。此时，其考勤记录的缺失不影响年休假权益的认定，公司需通过其他方式（如工作成果、会议记录等）证明其实际工作状态。
   若公司无此类规定，或制度未依法公示，则总经理不参与打卡可能被认定为违反考勤制度，但此情形仅影响其是否构成旷工等纪律处分，与年休假工资计算无直接关联。

2. 未休年休假工资的计算规则
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十条，用人单位经职工同意不安排年休假，或安排年休假天数少于应休天数的，需按职工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬（含正常工资，即额外支付200%）。计算基数为职工前12个月平均工资（剔除加班费），且不得低于当地最低工资标准。
   关键点：

   • 若总经理未休年休假系公司未安排且未支付报酬，公司需补足200%工资差额；
     
   • 若总经理主动放弃年休假（需书面证明），公司无需支付报酬，但实践中高管放弃年休假的证明标准较高，需公司举证其明确表示放弃且公司无强迫行为。

3. 高管身份的特殊性处理
   总经理作为公司高管，其劳动关系可能受《劳动合同法》及公司章程双重约束。若公司章程或劳动合同明确约定高管不享受年休假（需不违反《职工带薪年休假条例》的强制性规定），则可能免除公司支付义务。但此类约定需满足：

   • 条款经双方协商一致（非格式条款）；
     
   • 不低于法定最低标准（如年休假天数不得少于法定最低5天）；
     
   • 已实际履行（如高管未提出异议）。
     风险提示：司法实践中，高管身份不必然免除年休假义务，公司需谨慎设计条款。

4. 实务建议

   • 公司角度：完善考勤与年休假制度，明确高管考勤方式及年休假安排流程；保留未休年休假的原因证据（如工作安排记录、职工书面放弃声明）；定期审计高管薪酬发放情况，避免漏发。
     
   • 总经理角度：若公司未安排年休假且未支付报酬，可要求公司补发；若公司以“高管不享受年休假”为由拒绝，可核查劳动合同及公司章程约定，必要时通过劳动仲裁主张权益。

总结：总经理未休年休假的工资计算需结合其考勤合法性、未休原因及双方约定综合判断。公司应优先通过制度设计规避风险，高管则需保留证据以维护权益。如有具体案例细节，可进一步提供信息以便精准分析。