结论：合作社以果树入股并允许社员自行管理，在符合法定程序和章程约定的情况下是合法的，但需注意防范法律风险。 以下从法律框架、操作要点、风险防范三个角度展开分析：

一、法律框架的合法性基础

1. 《农民专业合作社法》的明确规定
   根据《农民专业合作社法》第13条，成员可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地经营权等非货币财产作价出资。果树作为生物资产，属于法律允许的出资范围，但需满足两个条件：

   • 评估作价：需由全体成员评估作价，或委托专业机构评估（第14条）；
     
   • 登记公示：出资方式需在工商登记中明确记载（第16条）。

2. 自行管理的合法性边界
   社员自行管理果树不违反法律强制性规定，但需注意：

   • 若章程约定由合作社统一管理，社员自行管理可能构成违约；
     
   • 若涉及集体土地上的果树，需符合《土地管理法》关于土地用途管制的规定（如不得擅自改变农业用途）。

二、操作层面的关键要点

1. 出资协议的必备条款
   建议签订书面《果树入股协议》，明确以下内容：

   • 果树的品种、数量、评估价值；
     
   • 产权归属（是否转移至合作社名下）；
     
   • 管理责任划分（如病虫害防治、修剪等）；
     
   • 收益分配机制（如按股分红或按劳分配）；
     
   • 风险承担规则（如自然灾害导致的损失分担）。

2. 产权登记的特别提示

   • 若果树附着于集体土地，需确认土地承包经营权是否已流转至合作社；
     
   • 建议办理生物资产抵押登记（如当地农业部门支持），以增强产权公示效力。

三、潜在法律风险及防范

1. 产权纠纷风险

   • 风险场景：社员退股时主张果树所有权，或合作社破产时果树被纳入清算财产。
     
   • 防范措施：在协议中明确“入股后果树产权归合作社所有，社员仅享有收益权”，并办理公证。

2. 管理责任争议

   • 风险场景：因管理不善导致果树减产，其他社员主张赔偿。
     
   • 防范措施：在章程中约定“自行管理需达到合作社制定的技术标准”，并建立定期检查机制。

3. 税务合规风险

   • 风险场景：未申报果树评估增值部分的所得税。
     
   • 防范措施：根据《企业所得税法》及实施条例，非货币资产出资需视同销售处理，建议咨询税务机关确定计税基础。

建议行动步骤：

1. 修订合作社章程，增加“果树入股”相关条款；
   
2. 签订书面入股协议并办理公证；
   
3. 向当地农业主管部门备案果树入股事项；
   
4. 定期组织社员培训，统一管理标准。
   

如需进一步细化协议条款或处理具体纠纷，可随时向我咨询具体法律方案。