农业设施用地有县政府批复文件，在符合相关规划和用途管制的前提下，一般可以认定为合法。以下从多个角度进行详细分析：

一、合法性认定的一般原则

农业设施用地，如温室、大棚、畜禽养殖场等，其合法性主要取决于是否符合土地利用总体规划、城乡规划以及农业设施用地的相关用途管制要求。县政府作为地方行政机关，其批复文件是对农业设施用地项目的一种行政许可，表明该项目在行政程序上已经得到了政府的认可。

二、县政府批复文件的法律效力

1. 行政许可的效力：县政府批复文件是一种行政许可行为，具有法律效力。它表明农业设施用地项目已经通过了政府的审查，符合相关规划和用途管制要求，可以依法进行建设和使用。
2. 批复内容的审查：然而，批复文件的合法性并不仅仅取决于其形式上的存在，还取决于其内容是否合法。如果批复文件的内容违反了土地利用总体规划、城乡规划或农业设施用地的相关用途管制要求，那么该批复文件可能是无效的。

三、合法性认定的具体条件

1. 符合土地利用总体规划：农业设施用地必须符合土地利用总体规划，即该用地项目必须在土地利用总体规划确定的农业用地范围内，且不得占用基本农田。
2. 符合城乡规划：如果农业设施用地项目位于城乡规划区内，还必须符合城乡规划的要求，包括用地性质、建筑密度、容积率等。
3. 符合农业设施用地用途管制：农业设施用地必须用于农业生产活动，如种植、养殖等，不得擅自改变用途用于非农业建设。

四、可能存在的法律风险

1. 批复文件被撤销：如果农业设施用地项目在后续审查中发现存在违法违规行为，如未经批准擅自改变土地用途、超面积建设等，县政府有权撤销其批复文件，并要求恢复土地原状或进行其他处罚。
2. 法律责任：如果农业设施用地项目因违法违规行为导致土地资源破坏或环境污染等后果，相关责任人可能需要承担法律责任，包括行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。

五、建议与措施

1. 核实批复文件内容：在获得县政府批复文件后，应仔细核实其内容是否符合相关规划和用途管制要求，确保项目的合法性。
2. 遵守相关法律法规：在农业设施用地项目的建设和使用过程中，应严格遵守相关法律法规和政策规定，不得擅自改变土地用途或超面积建设。
3. 及时咨询法律专业人士：如果对农业设施用地的合法性认定存在疑问或遇到法律纠纷，应及时咨询法律专业人士，以便得到专业的法律意见和帮助。

总结来说，农业设施用地有县政府批复文件在符合相关规划和用途管制的前提下一般可以认定为合法，但仍需仔细核实批复文件内容并遵守相关法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。