结论：商铺租赁合同中约定逾期扣除两个月保证金是否合法，需结合具体逾期情况及合同条款来判断。就您描述的情况而言，实际操作中只逾期了两个小时，通常情况下，这种短时间的逾期并不足以构成扣除两个月保证金的合理理由。

详细分析：

1. 合同自主性原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人有权在合同中约定违约责任，包括逾期支付的违约金或保证金扣除等。这是合同自主性的体现，意味着只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，合同条款即具有法律效力。

2. 违约金或保证金扣除的合理性：

   • 虽然合同可以约定逾期扣除保证金，但这一约定应当合理，不能过分高于或低于实际损失。在您的情况下，逾期仅两个小时，与扣除两个月保证金相比，显然存在较大的不合理性。这种短时间的逾期通常不会给出租人造成重大损失，因此，扣除两个月保证金可能被视为过分高于实际损失，从而可能面临被法院或仲裁机构调整的风险。

3. 实际操作建议：

   • 与出租人协商：首先，建议您与出租人进行友好协商，说明逾期的原因和情况，争取达成一个更为合理的解决方案。例如，可以提出支付一定的逾期利息或违约金，而不是扣除整个月的保证金。
   • 审查合同条款：仔细审查租赁合同中的相关条款，特别是关于逾期支付和保证金扣除的部分。如果合同条款存在模糊或不合理之处，可以依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，主张合同条款的无效或可撤销。
   • 寻求法律救济：如果协商无果，且您认为出租人的行为侵犯了您的合法权益，可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求确认合同条款的无效或调整保证金扣除的数额。

4. 法律依据：

   • 《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

特殊情况考虑：

• 如果合同中明确规定了“逾期即扣除两个月保证金”且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，同时您在签订合同时已经明确知晓并同意该条款，那么从合同自主性的角度来看，出租人可能有权依据该条款扣除保证金。但即便如此，如果逾期时间极短且未造成实际损失，您仍然可以尝试通过协商或法律途径来争取权益。

总结与建议：

• 商铺租赁合同中约定逾期扣除两个月保证金在一般情况下可能因不合理而面临调整风险。
• 建议您首先与出租人进行友好协商，争取达成一个更为合理的解决方案。
• 如果协商无果，且您认为出租人的行为侵犯了您的合法权益，可以向法院提起诉讼或申请仲裁来维护自己的权益。

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