租赁合同约定违约金三个月租金，其合法性需根据具体情况综合判断。
法律基础与双方协商：
- 根据《民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时支付一定数额的违约金。因此，从法律层面看，租赁合同中约定违约金为三个月租金并非被明确禁止。关键在于该约定是否是双方当事人的真实意思表示，且不存在欺诈、胁迫等违法情形。
违约损失的匹配性：
- 违约金的设定应与实际损失相匹配。如果三个月租金的违约金与因违约给对方造成的实际损失相当，或者略高一些以体现违约金的惩罚性，那么这样的约定是合理的。但如果实际损失远低于三个月租金，那么高额的违约金可能被视为不合理，违约方可以请求法院予以调整。
司法实践中的考量：
- 在司法实践中，法院会结合合同履行情况、当事人过错程度、预期利益以及实际损失等因素，综合判断违约金的合理性。如果法院认为违约金过高，会基于公平原则适当调低；反之，如果违约金不足以弥补损失，违约方可能还需承担额外赔偿责任。
行业惯例与市场情况：
- 行业惯例和市场情况也是判断违约金合理性的参考因素。如果三个月租金的违约金在当地租赁市场中较为常见，且符合行业惯例，那么该约定在一定程度上具有合理性。
综上所述，租赁合同约定违约金为三个月租金是否合法，需综合考虑合同双方的协商地位与意思表示、违约可能造成的损失、行业惯例与市场情况以及法律规定等多方面因素。如果当事人认为约定的违约金过高或过低，可以请求人民法院或仲裁机构予以适当调整，以确保合同的公平性和正义性。