结论：商铺租赁合同中约定逾期支付租金要扣除两个保证金，这一条款的合法性并非绝对，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同自由原则与合法性边界：

   • 根据合同自由原则，双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，可以自由约定合同内容。因此，如果合同中明确约定了逾期支付租金要扣除两个保证金，且这一约定不违反相关法律法规的强制性规定，那么该条款在合同双方之间是具有法律效力的。
   • 然而，如果扣除两个保证金的约定过于苛刻，或者导致承租方承担过重的经济负担，甚至可能构成显失公平或霸王条款，那么该条款的合法性就可能受到质疑。在这种情况下，承租方有权请求法院或仲裁机构变更或撤销该条款。

2. 保证金性质与扣除条件：

   • 保证金通常是为了确保合同的履行而由一方支付给另一方的资金。在商铺租赁合同中，保证金可能用于担保租金的按时支付、房屋的完好归还等。因此，扣除保证金应当与保证金的担保目的相一致。
   • 如果合同中约定的两个保证金分别用于担保不同的义务（如一个用于租金支付，一个用于房屋维护），且逾期支付租金仅违反了其中一个保证金的担保义务，那么扣除两个保证金可能就不合理了。此时，出租方只能扣除与租金支付相关的保证金。

3. 实际损失与违约金调整：

   • 即使合同中约定了扣除保证金的条款，出租方在扣除保证金时也应考虑其实际损失。如果扣除的保证金金额远超过出租方因承租方逾期支付租金而遭受的实际损失，那么该扣除行为可能就不合理了。
   • 根据《民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。因此，如果承租方认为扣除两个保证金的约定过高，可以请求法院或仲裁机构进行调整。

法律建议：

• 对于出租方而言，在制定商铺租赁合同时，应合理设定保证金的金额和扣除条件，确保条款的合法性和合理性。同时，在扣除保证金时，应保留好相关证据，以证明其实际损失和扣除的合理性。
• 对于承租方而言，在签订商铺租赁合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于保证金的约定。如果认为条款不合理或存在歧义，应及时与出租方沟通协商，必要时可以寻求法律帮助。

可能后果：

• 如果合同中的扣除保证金条款被认定为合法有效，且承租方确实存在逾期支付租金的行为，那么出租方有权按照合同约定扣除保证金。
• 如果合同中的扣除保证金条款被认定为无效或可撤销，或者扣除的保证金金额过高，那么承租方有权请求法院或仲裁机构变更或撤销该条款，或者要求出租方返还多扣除的保证金。

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